据蛋鸡的饲养特点，用药主要在幼雏/中雏期和育成期，分为治疗用药和预防用药。治疗用药须凭兽医处方购买，在兽医指导下正确使用。蛋鸡饲养以群养为主，预防重于治疗，因此，用药剂型多选用预混剂混饲，或可溶性粉混饮方式，不用片剂和注射液剂型，以方便饲养者使用。蛋鸡进入产蛋期后，大多数采用笼养方式饲养，蛋鸡感染寄生虫的机会大大减少，只要管理得好，产蛋期母鸡需要药物治疗的情况较少，在产蛋期的蛋鸡饲料中禁止加入任何药物添加剂，以防止鸡蛋中药物残留超标。
产蛋期用药容易导致鸡蛋的药物残留超标，绝大多数药物都禁止在产蛋期使用。由于蛋鸡在产蛋期可用药物较少，如遇个别或少量严重生病蛋鸡，若治疗成本超过其本身价值，则应放弃治疗，将病鸡淘汰。产蛋期只允许使用国家规定的产蛋期允许使用的治疗药物，且要严格遵守休药规定。
选用兽药需来源于《中华人民共和国兽药典》等国家标准、行业标准和农业部有关文件，并结合使用情况，优先选择药效好、毒性小的药物。凡未规定休药期的品种应遵守“肉应不少于28天，蛋应不少于7天”的规定。
蛋鸡产蛋期除了严格遵守用药原则外，包括产蛋鸡在内所有家禽用药时应注意减少和避免应激、配伍禁忌、避免耐药性、限制使用人用抗生素等。如防疫时严格按照正常的免疫程序对蛋鸡进行免疫，可有效防止蛋鸡发病和死亡，其目的是争取不用药或少用药。在产蛋期则更要慎用疫苗，主要指鸡新城疫、传染性支气管炎等，产蛋鸡除发生疫情紧急接种外，一般不宜接种这些疫苗，以防应激等因素引起产蛋量下降和软壳蛋。
从细菌耐药性方面看，蛋鸡饲养户使用兽药时，还要注意限制使用某些人畜共用药，从配伍禁忌方面看，抗菌素之间、抗菌素与其他药物混合使用，有的可产生增强相加作用，有的可产生拮抗和毒副作用，所以要注意药物间的配伍禁忌，以免带来不良所果，如青霉素G与四环素，土霉素与金霉素则不能联用。
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