四、存在问题的分析。
（一）法律认知上的问题
《动物防疫法》第二十一条第二款 染疫动物及其排泄物、染疫动物产品，病死或者死因不明的动物尸体，运载工具中的动物排泄物以及垫料、包装物、容器等污染物，应当按照国务院兽医主管部门的规定处理，不得随意处置。
第四十八条 经检疫不合格的动物、动物产品，货主应当在动物卫生监督机构监督下按照国务院兽医主管部门的规定处理，处理费用由货主承担。
第七十五条 违反本法规定，不按照国务院兽医主管部门规定处置染疫动物及其排泄物，染疫动物产品，病死或者死因不明的动物尸体，运载工具中的动物排泄物以及垫料、包装物、容器等污染物以及其他经检疫不合格的动物、动物产品的，由动物卫生监督机构责令无害化处理，所需处理费用由违法行为人承担，可以处三千元以下罚款。
对以上条款的理解，是否可以定义为对病死畜禽的无害化处理应是货主应自觉履行的义务，对于不自行对病死畜禽进行规范的无害化处理的货主可由动物卫生监督机构责令进行并可处于罚款。
（二）无害化处理技术规程的问题
掩埋作为一种无害化处理方法，是一种不彻底的无害化处理方法。当然，在广大农村，在缺少完善的无害化处理设施设备的情况下，掩埋仍不失为一种可行的无害化处理方法。但是在掩埋的时候，应当严格按照规定要求，先用柴油或其他助燃材料先进行比较彻底的焚烧，然后对焚烧后残渣、被污染的泥土、废料等按要求再进行深埋处理，并对处理后的地面进行全面彻底的消毒，做到干净利落，才可能不留下隐患。
将发酵化尸法做为一种无害化的处理方法，是不符合我国现行的《病害动物和病害动物产品生物安全处理规程》这一国家标准要求的。但针对我国目前不可能在每个乡镇设立无害化的焚烧设备这一实际情况，建设价格较为低廉的发酵化尸池是一条较为可行的路子。经过全国各地几年来使用的情况来看，有成功可取的经验，但也有严重的缺陷。发酵发尸法特别是要加强对化尸池的管理，防止有人盗尸和变卖动物尸体。
（三）人员机制的问题
1、病死畜禽主要来自农村和各个小规模养殖场所，数量较大，要把病死畜禽全部按规定进行无害化处理，需要主管部门和广大人民群众共同参与，要切实的将责任层层分解并落实，要加大各级监管部门的监管力度，才能做好这项工作。
2、病死畜禽无害化处理所需费用没有得到保障。解决病死畜禽无害化处理的相关费用，是一个必须面对和要正视的问题。由于病死动物作无害化处理成本较高，所以导致养殖户在动物死后不愿意向动物卫生监督机构报告和主动作无害化处理，甚至逃避动物卫生监督机构的监管。现在无害化处理费用由基层动物卫生监督机构承担，不利于此项工作的长期开展和实施。
3、病死畜禽无害化处理工作，大量的在基层，而基层兽医人员要承担防疫、检疫、执法和技术指导等工作，工作疲于应付，对病死畜禽和检疫不合格的动物及产品需要按规定进行无害化处理的，难以全程监督；对不自行对病死畜禽无害化处理的行为，也因进行调查、取证、处罚的难度大，而存在打击不力，致使病死畜禽无害化处理的有关法律形同虚设。
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