水灾不仅使畜禽栏舍浸水或损毁，草场破坏，给畜禽的生产管理造成很大的困难；另外，由于水灾后各类病原微生物和媒介昆虫的繁衍滋生，畜禽感染发病及发生疫情可能性增大；饲料在高湿、高温的情况下，极易发生霉变。为尽快恢复生产，减少损失，水灾后畜禽生产管理应注意以下几点：
一、畜禽养殖环境的消毒处理
1、畜禽舍周围环境的消毒。清除畜禽舍周围溺死动物尸体及污染物；尽力清除雨水沟、污水沟系统，保持排水畅通。对畜禽舍周围环境在清扫后全面消毒，选用消毒液（2％的烧碱水、百毒杀、菌毒敌、农乐等）喷雾或生石灰（或15%～20%石灰水）撒布，消毒范围包括畜禽舍周围5米内的地面及畜禽舍外墙面。清扫后的粪便及污物、杂物等进行堆积发酵法消毒，使用塑料薄膜将粪堆严密覆盖效果更好。
2、畜禽舍的清理消毒。及时检修维护栏舍及水管电线等设施设备，清除畜禽舍内动物尸体、污泥、粪料及杂物，地面和水泥墙面进行冲洗，开展地面、墙面和舍内空间全方位消毒；地面及墙面可用2%的烧碱水、20％的漂白粉等消毒，舍内空间可用3%的来苏儿或0.02％的过氧乙酸消毒。畜禽舍经连续几次消毒后，加强通风换气，待舍内清洁干燥后方可转入畜禽。
3、动物尸体的无害化处理。采取焚烧或深埋方法对病死或溺死畜禽尸体开展无害化处理。其方法为：选择远离养殖场、村庄及水源的地方挖深2米以上的深坑，坑底铺生石灰，将动物的尸体及其污染物放入坑内，浇洒柴油或汽油进行焚烧，焚烧完毕撒上生石灰或喷洒消毒药水，再覆以厚土压实，并做好标记。
二、畜禽疾病防控措施
水灾后极易发生各类疫情，加强灾后畜禽的疫病监控，特别是怀疑有炭疽、口蹄疫等烈性动物传染病时，应立即上报，并对疫区或疫点进行封锁、隔离和消毒。对当地曾发生过的疫情和目前流行的疫情要密切监控，并可提前做好相关疫苗补（复）免。对动物出现的腹泻、霉变饲料中毒、瘤胃酸中毒等疾病加强预防并对症处理。水灾后易诱发畜禽寄生虫病，定期对灾区畜禽寄生虫病开展检测，在饲料中添加左旋咪唑、伊维菌素等驱虫药物驱除体内寄生虫。
水灾后不宜立即补栏，在为补栏做准备的同时，要观察了解本场及周围畜禽养殖的健康状况一切正常后，方可考虑引种补栏。
三、畜禽的饲养管理措施
1、畜禽饮水的管理。水灾后受到污染的畜禽饮水器、水槽、食槽等需通过清洗、消毒后方可再次使用。被洪水污染的井水或江河天然水不能直接使用。应先使用明矾等对其进行沉淀处理，再用消毒剂如漂白粉、百毒杀等进行消毒，或通过煮沸的方法直接进行杀菌消毒后方可饮用。禁止在洪水淹没的草地上放牧牛羊。
2、饲料的管理。因水灾造成的霉变饲料不能直接饲喂畜禽，以防霉菌毒素中毒。对结块或轻微霉变的饲料经脱毒处理后可少量搭配饲喂。常用的脱毒包括蒸煮去毒（将发霉饲料煮沸30分钟或蒸煮1小时，用清水洗净）、烘干或日晒后，加脱霉剂（每吨配合饲料中加入0.5公斤的克霉净）处理后饲喂。
3、畜禽养护管理。加强畜禽舍的通风换气，定期杀蚊灭蝇及灭鼠，保持畜舍干燥卫生，并注意防暑降温。对于舍饲的牛羊青、精、粗饲料搭配合理，日粮组成尽量多样化，营养全面。适当增喂一些复合多维）、电解质、微生态制剂及免疫增强剂（如黄芪多糖）等，以增强机体的抗应激能力和抵抗力。
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