另一方面，疫苗技术进步也是不容忽视的。第二代疫苗，传统疫苗，主要基于动物或鸡胚传代获得的弱毒疫苗。据了解，由于毒力可能返强和难以保证对所有宿主动物都安全，1979年OIE第30届大会规定，弱毒疫苗免疫的动物只能向使用弱毒疫苗的国家出口，此后除中国外全球基本再无弱毒苗使用。
赵启祖介绍，随着技术的进步，目前的疫苗生产基于细胞培养、分子生物学研究，已经在基因组学、纳米技术、蛋白质组学、佐剂、抗体技术、结构生物学、免疫学等领域广泛涉及，具备准确筛选抗原、精细疫苗配方和免疫策略，从而使得设计和使用合理疫苗及免疫方案成为可能。
方向：空衣壳疫苗最有希望
口蹄疫：空衣壳疫苗产业化存疑亟需突破
目前，全世界牛羊用口蹄疫疫苗主要O-Asia1二联苗、O-A-Asia1三价疫苗。
针对我国目前口蹄疫疫苗的格局，赵启祖博士称，农业部在近两年在监管上，出了不少措施。“我国口蹄疫疫苗生产有其特点，因为是国家定点生产企业，他们生产的企业，国家统销。疫苗质量这几年，是议论的焦点。但随着这几年疫苗市场的变化，很多疫苗是用户说了算，不需要招标，也就是市场苗。市场督促企业进行技术改进，疫苗技术改进，质量有了很大提高。”
“在我国，口蹄疫的防控，牛羊不是大的问题，猪的问题很大，因为猪的免疫有很多空白点。”
赵启祖称，只要防控到位，牛羊口蹄疫疫苗免疫效果相对较好。养殖户和乡村兽医是口蹄疫防控的第一道防线。民众与政府须紧密配合，严格执行“早、快、严、小”的防控策略。
口蹄疫疫苗，有没有好的疫苗，新型疫苗的研究情况如何？目前国内外研究都特别重视口蹄疫疫苗的研制，但是一直没有新型疫苗面世。“因为现在口蹄疫疫苗，包括基因工程疫苗，研发远远达不到灭活疫苗的免疫水平。”赵启祖称。
他认为，口蹄疫疫苗最有希望的一种新型疫苗就是空衣壳疫苗，但短期内空衣壳疫苗产业化不了。
据了解，英国研究机构近两年在空衣壳疫苗研究取得不少进展，问题集中在该疫苗产量和装配的效果上。
“他们的确做了新型疫苗，研发的系统构建都无问题，但产量起不来，达不到生产的要求。在口蹄疫疫苗领域，新型疫苗研制还是有很大难度。近年，在空衣壳疫苗在装配效率方面，特别在空衣壳装配里口蹄疫病毒有个3C蛋白的功能方面的问题，即3C蛋白和口蹄疫衣壳蛋表达中的问题。目前有一些进展，未来口蹄疫空衣壳疫苗还有一些突破。”
据记者了解，业内曾有提及，中国农业科学院兰州兽医研究所研制的空衣壳疫苗已在我国部分省区应用，但未见公开的效果反馈。
小反刍兽疫：标记疫苗方向极为重要
“小反刍兽疫（PPR）对我国而言属于新病。2007年，最早在西藏阿里地区发现。当时免疫和防控的办法是将其控制在阿里和阿里边界地区。去年年底该疫情从新疆开始，到今年4～5月份，包括四川、湖南、湖北不养羊的地方也发生了小反刍兽疫。为何在内地遍地开发？疫病的防控，不仅仅在疫苗上。应该是有多方面的问题。”
他表示，“感染与免疫鉴别诊断是未来疫苗研究很重要的方向。在这方面是有很多可做的。”
赵启祖表示，目前很多单位在做标记疫苗，重组山羊痘PPR疫苗，可以保护山羊痘和PPR，好处是可以进行免疫诊断。目前国内外已经发了很多文章，但目前还未上市。他称，现在新型疫苗研究和应用遇到了瓶颈问题，要是能够突破，还是很有希望的，诸如耐热保护剂疫苗、新型载体疫苗都是未来的主要方向。
羊痘：灭活疫苗研究方向不确实
羊痘是家畜中最严重的一种痘病，发病率达50%～80%，病死率达20%～75%，给养殖业带来较大的危害。
痘病毒是已知最大的病毒，能够刺激机体产生体液免疫和细胞免疫，具有很强免疫原性，机体免疫以后也很坚强。据了解，羊痘目前在世界各国有增多的趋势。2007年～2009年我国的新疆、甘肃、宁夏、青海、陕西、福建、贵州等地频繁发生绵羊痘疫情。目前用于羊痘预防接种的疫苗主要是羊痘弱毒疫苗。
据了解，有学者建议用灭活的痘病毒作为预防制剂来降低动物对传染性疾病的敏感性。但赵启祖则表示，灭活疫苗是研发的一个方向，但灭活疫苗对羊痘来说，以细胞免疫为主，病体测不到，效果不会太好，目前国内羊痘疫苗弱毒疫苗优于灭活疫苗。
布鲁氏杆菌病：S2株活疫苗有局限性
作为人畜共患病的一种，布鲁氏杆菌病一直备受业内重视。
目前全世界所用的疫苗中，美国用的是S19疫苗，流产布鲁氏杆菌S19疫苗和流产布鲁氏杆菌RB51疫苗，但对羊无效。马耳他布鲁氏杆菌Rev.1疫苗，主要用于羊。
国内防控布鲁氏杆菌病的疫苗，主要有A19（新疆天康）、M5或M5-90，以及S2。M5因为危害比较大，所以已经停用。A19和S2是我国主要使用的疫苗。
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