山东地区新型鸭呼肠孤病毒的分离与鉴定

2.4病毒σC基因的扩增结果

用RT-PCR分别对6株分离病毒的核酸进行σC基因扩增，电泳结果显示均得到单一特异性目的条带，片段大小为997bp与目的条带大小相符，阴性对照无条带（图3）。

M:Marker DL2000; 1:D20171214YS-1; 2:D20180102SG-1; 3:D20180305HZ-1; 4:D20180305HZ-2; 5:D20180312HZ-1; 6:D20180312HZ-2; N:阴性对照; P:阳性对照

图3  6株分离毒σC基因的RT-PCR扩增结果

2.5同源性与进化分析

利用DNAStar对双向测序结果进行拼接与裁剪，得到6条大小为997bp的片段，编码区含966个核苷酸，编码321个氨基酸。6株病毒间σC基因的核苷酸同源性为99.0%-100.0%，氨基酸同源性为99.3%~100.0%，与GenBank发布的NDRV毒株核苷酸同源性为93.7%-99.3%。将6个分离株的σC基因序列与GenBank下载的σC基因序列利用Mega6.06构建系统进化树，结果显示，所有序列形成两大进化分支，即鸡源支和水禽支，而水禽支又分为经典MDRV分支和NDRV支，而所分离的6株病毒均属于NDRV分支（图4）。

图4  6株分离毒、23株参考毒σC编码基因系统进化树

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