微生态制剂的主要组份有：酵母菌、枯草芽孢肝菌、乳酸菌、霉菌、双歧杆菌等。
含有双歧杆菌、粪链球菌、乳酸杆菌、酵母菌的活菌制剂可以增强肠道有益菌群的优势，排除毒素的积累；对于雏鸡来说，可以在肠道微生物有益菌群尚未建立之初，促进肠粘膜的产生，减少感染细菌的几率，从而大大减少雏鸡腹泻发生。也有人提出，要从雏鸡阶段起直至青年鸡阶段结束每月坚持微生态制剂的使用，使肠道在整个生长过程中一直处于良好的微生态系统中，才能使得有益菌迅速占据整个胃肠道，从数量上占绝对优势，从而达到抑制和杀灭病菌的目的。
微生态制剂的应用可使有益菌群在肠道里处于长期稳定平衡状态，还增加肠道绒毛长度，增大大小肠吸收面积，改变肠壁厚度和通透性，增强吸收功能从而减少肠道内容物和粪便含氮量。嗜酸乳酸杆菌能直接吸附于小肠绒毛上皮，使病原菌失去小肠上的结合位点，随粪便一起排出。有些菌株如芽孢杆菌，虽然不能定植于小肠上皮，但在肠道内大量繁殖时同病原菌争夺营养物质并分泌一些抑菌素，抑制并杀灭病原菌。同时造成厌氧环境，有利于乳酸菌增殖。
饲料经微生物发酵后，营养水平，消化利用率可大幅提高，还可减少氨气产生。有实验表明，微生态制剂有助于提高饲料利用率特别是氮的利用率，这就可以减少氮的排放量和粪便产生量。饼粕类原料发酵后制作的饲料含有大量有益菌和酶制剂，鸡只采食后有助于调节肠道微生态平衡，增加消化酶活性，提高消化率。发酵饲料分固态发酵、液态发酵。比较说来，固态发酵可选用的生物菌种更多些，操作管理更简便，不产生环境有害物，利于规模化生产。目前，需要解决的问题是，生产标准有待统一，培养、灭菌、冷却，卫生消毒、检测化验，高温，机械、制粒等工艺需要有大的改进。
中草药是改善粪便质量减少排泄数量的又一优良添加剂。苍术、苦参、麦饭石、贯众、当归、女贞子、何首乌、山药含有的生物碱、酚、有机酸，对于保持肠道酸碱平衡，吸附重金属，解毒排毒，减低有害菌发酵产生的臭味有一定作用。其所氨基酸、矿物质、多种维生素又是很好的营养补充剂。甘草、腐植酸钠、沸石、菖蒲、桑叶、艾蒿、松针叶等不仅提供治疗腹泻的直接药理作用，还抑制病原的生长繁殖，减低病原分解有机物的能力，也就减少了臭味和粪便量的产生。
已有多次多地实验表明，黄芪、黄连、杜仲、金银花、止痢草、肉桂、甘草、苦木提取物复方制剂，用于雏鸡、青年鸡、产蛋鸡可明显促进消化吸收，减少粪便有害菌数量。据相关检测，使用上述中草药制剂后7～10天，粪便中检测大肠杆菌数明显减少，乳酸菌、双歧杆菌数明显增多。这对于控制肉仔鸡和蛋雏鸡的原发性和继发性大肠杆菌发病有重要意义。有实验还表明，以地锦草、苦参、黄芩等组成的中药组方配合乳酸菌发酵物可产生协同作用，对已经感染大肠杆菌的雏鸡具有明显的治疗保护作用。
例如，蛋鸡在经历酷热夏季后容易受到各种应激发生秋季腹泻，这是肠道微生物菌群在经历暑热水泄后失调严重所致，此阶段，肠道中乳酸菌几近消失，而大肠杆菌数量增加很多，且PH值越高，大肠杆菌数量越多，而大肠杆菌正是引起腹泻的主要病原菌。用中兽药控制住了大肠杆菌就抑制住了秋季腹泻的主要致病源。
饲料配方的调整是控制好粪便源头的又一措施。有人指出，由于家禽育种技术的进步，蛋鸡产蛋枚数与肉鸡出栏天数与体重等生产潜力被挖掘的淋漓尽致；这就对营养日粮提出了更高要求。但这并不是说，营养浓度越来越高才好。因为鸡的消化道短，许多营养成分来不及吸收就随粪便排出了，这种浪费大约有日粮的15%～35%不等，除了日粮成本的浪费外，粪便的难于处理是又一浪费——因为加大了粪污处理成本的支出。怎办呢？还是要从提高日粮吸收利用率上找出路。有实验表明，在氨基酸平衡好的情况下，蛋鸡日粮降低2%的粗蛋白，对生产性能无不良影响，却可以减低20%氮的排泄量。而肉鸡采用调低2%蛋白的饲粮，配合微生态制剂，可提高了氨基酸和蛋白质的利用率并不影响生长，还减少了粪便排泄量。
所以，利用现代科技实现饲料配方的精准化，适量调低饲料营养成分配比，达到最佳组合比例，有助于提高饲料的消化利用率，也有助于减少粪便有害成分与排泄量。
有业内专家提出，今后鸡日粮的理想模式就是以鸡的可消化氨基酸为依据设计精准配方，减低饲料中粗蛋白2%～3%，以减少排泄物中氮含量；以有机微量元素替代无机微量元素，寻求最佳剂量和最佳比例关系。有试验表明，在提高日粮的生物利用率的前提下，育成鸡日粮中微量元素减少20%，不会影响鸡只生长发育效果。为了达到商业目的而过度使用微量元素是不正确的。事实上，微量元素虽被过量添加，可生物利用率极低，只有10%被吸收利用，90%以原形式及代谢产物形式排出体外。也有人提出，蛋鸡日粮微量元素减少30%不会影响其生产性能发挥，却可以降低粪便中的重金属排放量，有助于减少耕地的重金属污染。
总之，鸡场粪污的源头管理好坏，在环保压力日趋增大的今天已经逐渐凸显重要，源头处理成本较之排泄到环境后去处理要低得多，这是我们业内同仁尤须关注的。
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