牛结节性皮肤病的流行新动态及我国的应对策略

与在GPCR基因上的发现相反，LSDV Embu/B338/2011与LSDV田间分离株和LSDV KSGP O240（KX683219）毒株在RP30全基因、EEV糖蛋白部分基因和B22R部分基因上均相同。这表明，LSDV Embu/B338/2011与东非地区国家常用的LSDV KSGP O240来源的疫苗毒株和LSDV Neethling疫苗毒株不同，可能是LSDV田间分离毒株和LSDV Neethling疫苗毒株的混合物。这与之前的基于4种山羊痘病毒属分离毒株基因组物理图的比较结果一致，认为也门山羊-1分离株（Yemen goat-1）是一种具有肯尼亚牛-1（Kenya cattle-1）山羊痘病毒属病毒田间株和伊拉克山羊-1（Iraq goat-1）疫苗毒株混合特征的重组病毒。但有趣的是，将LSDV Embu/B338/2011与俄罗斯重组样毒株LSDV Russia/Saratov/2017的EEV糖蛋白和B22R基因比较，发现二者存在一定差异。虽然LSDV RUSSIA/Saratov/2017与LSDV Neethling疫苗毒株在EEV糖蛋白和B22R基因上相似，但LSDV Embu/B338/2011与田间分离毒株更相关。基于基因组的RNA解旋酶（RNA helicase）和核苷水解酶（NTPase）基因序列分析，证实还存在一些额外的变异位点，说明LSDV Embu/B338/2011毒株与最近测序的南非疫苗相关的田间病毒间也存在一些差异，流行病学数据也支持LSDVEmbu/B338/2011毒株是通过重组产生的假设。然而，由于该分离毒株来自先前接种过疫苗的畜群，也有可能这种分离毒株在接种疫苗之前就已传播。例如，1950年和1958年在肯尼亚采集的2个历史田间分离株LSDV NI-2490和LSDV Kenya也在GPCR基因中插入了12个核苷酸。

一些研究认为，在接种过疫苗的畜群中发生LSDV感染，可能是由于LSDV KS1等疫苗的免疫接种失败或潜在残留毒力所致，然而，LSDV Embu/B338/2011与LSDV KSGP O240毒株间在遗传上也存在差异。LSDV分离株在其GPCR基因中携带12个核苷酸插入，这在之前的毒株很罕见。例如，发生在1950年的LSDV Kenya，发生在1954年的LSDV RSA/54，发生在1958年的LSDV NI-2490，1958年和1959年的LSDV Neethling疫苗毒株LW-1959，1976年的LSDV KS-1等。然而，在2017年检测到重组的LSDV RUSSIA/Saratov/2017和LSDV RUSSIA/Udmurtiya/2019之后，在亚洲出现的所有新疫情的LSDV田间分离毒株都在其GPCR基因中存在12个核苷酸的插入，这充分说明了LSDV流行的多样性和复杂性。

2.3.2 LSD在南非的流行情况与毒株鉴定

在对东非地区国家的田间分离毒株分析比较中发现，来自南非的大多数存档样本的LSDV田间毒株与疫苗相关的田间病毒都携带有12个核苷酸的插入。由于南非普遍流行LSD，主要依靠各种活减毒疫苗来预防和控制该病，近年来国际上报道的LSDV疫苗样毒株的广泛暴发，迫使从LSDV田间分离毒株的全基因组测序入手，解读其遗传演化关系。

活减毒疫苗病毒是1963年在南非疫苗株（Onderstepoort）兽医研究所通过LSDV Neethling型田间毒株在细胞和鸡胚绒毛膜尿囊膜中的连续传代形成的，并在牛体内试验证明其作为疫苗使用是安全和有效的，现能够获得LSDV的Neethling型LAV毒株的全基因组序列。这种疫苗毒株后来被广泛使用，有效地减少了随后几年LSD的暴发次数，并在流行地区控制了该病。然而，最近这种疫苗和与LSD疫苗有关的某些缺陷被不断报道。通过限制性片段长度多态性比较以及对LSDVKSGP 0240的全基因组测序分析发现，该毒株最初来源于一种Neethling型LSDV毒株。已有多个研究在调查有毒力的流行毒株和疫苗毒株间的基因组差异，以阐明导致其致弱表型的遗传变化。除LSDV ORF LW134编码的超氧化物歧化酶（SOD）基因同系物发生单一变化外，所有其他研究都发现了多个开放阅读框（ORF），其中既有可替代性的阅读框，也有大量的单核苷酸差异，显然涉及多个基因参与其中，并协同工作以实现宿主特异性的致弱，这可能有助于病毒减毒表型的形成。

在预防和控制LSD方面，尽管使用LAV毒株取得了巨大的成功和有效性，但其仍有一些固有的局限性。越来越多的证据表明，LSDLAV毒株正在通过与田间强毒株的重组或不稳定基因组区域的突变，导致全长基因恢复来实现毒力反转，这也是一些国家禁止使用基于LAV毒株的商业疫苗，而是鼓励使用灭活的、死的或异种疫苗进行疫病控制计划的原因。2017年，俄罗斯暴发了严重的LSD，经鉴定病原体与商品化的LAV毒株在基因上相似，也被鉴定是LSDV的Neethling减毒疫苗毒株与LSDV KSGP 0240疫苗毒株间的多基因内重组病毒。

根据在欧洲特别是俄罗斯对LAV疫苗株的毒力反转或重组的观察，采用全基因组测序分析调查南非提交的田间分离毒株发现，南非3个省的1991—1997年间暴发的6个LSDV毒株均与LSDV疫苗毒株在遗传上聚类在一起，其中疫苗相关病毒之一的LSD-248/93毒株在动物上经常引起LSD临床症状，被认为是一种有毒力的LSDV毒株，说明LSD-248/93毒株确实存在毒力反转或重组的类似事件，这提示在疫苗接种计划中LAV恢复毒力是一个主要的安全性问题。

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