在整个人类历史的发展进程中，疾病的发生（尤其是瘟疫的发生）从未中断过，而且动物的疾病和人类的疾病也始终相互交错发生着，近期发生的SARS和高致病性禽流感使得人类再次惊慌失措。个体（individual）医学的研究几乎已经到了巅峰阶段，但群体（population ）医学的研究依然显得举步维艰。问题的症结到底在哪里？此文将主要以猪病的发生为例探讨疾病在群体中发生的根本原因。
从二十世纪80年代开始，世界各地都在进行养猪生产模式变革的实验，其中涉及遗传、育种、通风、猪流（pig flow）、健康性能、栏舍面积、断奶日龄、保育方式、室外饲养、猪群群体规模、断奶-育成模式、上市决策制定，等等。在这些变革中，多点生产（Multi-loci/cite Production）和人工授精（Artificial Insemination，AI）的影响极其重大，但这些变革成功和失败各几何呢？其中不乏值得我们重新思考的地方。
1. 问题思考
以下将通过几个问题的回顾来反思为什么动物的疾病和人的疫病变得越来越难以对付，以期给我们提供新的启示。
1.1动物的饲养密度：众所周知，亚洲之所以会成为世界的流感中心（1957年、1968年、1997年和2003年亚洲和香港地区等发生禽流感和人流感），多数学者认为，其中最重要的原因是亚洲人口密度大，动物和人群混居，尤其是猪和禽类近距离饲养。
在动物养殖业中，我们是否可以不再盲目提倡单位面积的载畜量，而是强调单位动物的空间拥有量，提倡动物福利。其实，养殖业现代化不是“现大化”，规模化也不是“高密度化”。
1.2动物的封闭饲养：人们总是以为只要动物处在封闭的环境中，动物就会很少生病，但往往事与愿违。虽然动物饲养环境越来越封闭，但饲养业中被迫使用的抗生素种类却在不断增加，使用的剂量也在不断加大，人类的食品安全已经受到严重的威胁。
为了提高经济效益，人们一方面将自己饲养的动物进行封闭，但一方面又不断从外面（尤其是国外）不断引进新的品种，动物群体的病原谱平衡就这样一再被打破。
1.3 自然选择和人工选择发生矛盾：自然选择和人工选择虽然同样重要，没有人工选择，就不会有玉米、小麦和水稻，但自然选择仍然是人工选择的基础，所以没有冬天的水稻和夏天的小麦，我们不可违背自然选择这样一个基础的规律。
在动物的饲养实践中，人类为了追求动物的快速生长，不断推进育种的进程。饲养的动物（尤其是猪和鸡）在人工的保护下（尤其是在药物的保护下），虽然其生长速度越来越快，但抗病能力却每况愈下。比如在猪的选育种上，人们过度追求瘦肉率，背膘虽然越来越薄，眼肌面积也越来越大，肌间脂肪含量越来越低，而猪的抗病能力越来越差，各种综合征却接踵而来，如PRRS，PMWS，PDNS，PRDC，等等。
总之，遵从自然的选择是长久的，人为的过度干预永远是短命的。
凡此种种，都成了动物疫病周而复始的部分诱因，但动物疫病反复发生的内在规律是什么呢？引起动物和人发生疾病的直接原因到底是什么？历史上的有识之士也曾提出了各种各样的假定（Assumption）和假说（Hypothesis），这些假说对人类认识疾病和控制疾病，尤其是对传染病科学的认识起到了很好的推动作用，但随着人类对疾病认识程度的加深，这些假说也越来越显现出它们的局限性，比如Koch氏假说，Evans氏假说，自然疫源地的概念，无特定病原的概念，等等。
病原学理论已经到了必须充实变革的时候了。
2. 病原谱差异性理论简介
病原学也叫病因学（Etiology），是一门研究疾病发生机理和规律的学科。
什么叫病原（Pathogen）？ 凡是能够引起动物和人正常生理机能改变的一切因素都应该称为病原。其中包括：
① 细菌、真菌、放线菌、螺旋体、霉形体、立克次氏体、衣原体、病毒以及原虫、蠕虫（绦虫、吸虫、线虫）和节肢动物等生物体；
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