一株养殖场乌鸡源H7N9流感HA基因的序列分析

2.2 HA基因遗传进化分析

将乌鸡毒株A/silker chicken/GD01/2016序列（已上传Genbank，序列号MG607400）,通过与Genbank上收录的序列进行比较，结果相似性最高的为KP415932(chicken/Dongguan/191/2014)，二者核苷酸的相似性为98.7%，处于同一分支的还有KP418167(silkie chicken/Shantou/2056/2014)，相似性为98.5%。与其他有关参考毒株的相似性较高，介于95.3%～98.5%，其中与早期的参考毒株A/Anhui/2013、KP414851(silkie chicken/Jiangxi/9476/2014)相似性较高，均为98.2%；与另3株市场中检测到的竹丝鸡相似性为95.3%～98.5%毒株，见图2。

图2 H7N9 HA基因的系统进化树

2.3 HA 基因氨基酸序列分析　

该株病毒的cDNA均包含了1个完整的开放阅读框架(ORF)，编码区长1683bp，共编码560个氨基酸（aa），包括信号肽(1～16aa)，HA1(19～338aa)，HA2 (340-560aa)和1个精氨酸(339aa)。

2.4 糖基化位点的分析与裂解位点

氨基酸序列分析结果表明，HA基因的潜在糖基化位点分别位于30～32、46～48、249～251、421～423、493～495位aa等5个位点上，位点1～3位于HA1，位点4～5位于HA2。与所有参考毒株均一致。裂解位点方面，毒株A/silkie chicken/GD01/2016与呈现弱毒的分子特征，PEIPKG↓RGLF，与其他毒株一致，详见表1。

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