养殖场污染治理方法很多，但要考虑处理方法的技术优点、投资、日常运行费用和操作管理是否方便等因素，目前应用最广泛的是生物处理法，即主要通过微生物的生命过程把污水中的有机物转化为新的微生物细胞以及简单形式的无机物，从而达到去除有机物的目的。
1，采用“干清粪”工艺减少冲洗用水
用水冲洗猪舍显然省时、省力又卫生，但粪、尿和水混合后造成后处理量大而复杂，须经过沉淀、过滤，反而事倍功半，并且浪费宝贵的水资源。实验表明采用水冲粪和干清粪不同的清粪工艺，每头猪的年均用水量分别为35～40t、10～15t。因此，应提倡推广干清粪工艺，即粪尿分离，及时清粪，既有利于粪污处理，又可减轻对猪体本身的污染以及臭气的散发。
2，完善工艺流程，加强科学管理养殖场的能源环境工程
必须依据《畜禽养殖业能源环保站设计规范》的要求做好前处理、厌氧处理和后处理的设计和施工，工艺要精良，技术要先进，容量要配套，管理要科学，还要特别注意发挥前处理投资省、效果好、管理方便的作用。
3，提高养殖水平，减少污染物排放量。
首先要改善日粮配方和饲料加工工艺，粪便污染的实质在于日粮中营养物质吸收不完全而残留有N、P、C和一些重金属如Cu、Zn等。从营养学的角度考虑，畜禽可视为一个生产系统:“输入(饲喂)－转化(消化)－输出(粪尿)”，要使末端达到最小而不影响中间，只能着手于减少始端的供给量，形成“两头小中间大”的状态。其次要合理使用饲料添加剂，在饲料中添加一定比例的微生态制剂、酶制剂、中草药、矿物质等，不仅能提高饲料转化率、有利于畜禽健康，而且能减少有害物质的排放、减轻养殖场恶臭。但添加的比例一定要合适，否则会造成畜禽产品的品质下降和环境污染加剧。
4，积极开展粪污的综合利用。
粪污不是垃圾，而是放错了地方的资源，充分研究和利用粪污不仅可减缓全球资源危机和环境危机，还能带来可观的经济效益和社会效益。(1)还田肥土或生产有机肥用于农业生产。(2)发展生态型农牧业。
5，积极开展沼气综合利用。
在未来的能源生产中，沼气将扮演越来越重要的角色，在生产沼气的同时，利用和处理了大量粪便和生活垃圾，沼气时代不是过时了，而是还没有到来。沼气可用于养殖场的职工生活用能、仔猪保温、发电等，是最廉价、最环保的能源。目前沼气的综合利用率低，许多沼气没有得到利用就被直接排放到空气中，还造成严重的温屋气体效应(CH4造成温屋气体效应是CO2的21倍)。同时要大力发展农村户用沼气，保护森林资源。
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