一起由测序分析纠正检测结果的案例

         本文通过一起真实的猪场检测案例，说明测序 分析是确认猪场发病病原的不可或缺的工具。
        检测事件发生：
        2016年12月某日，山东某猪场发生仔猪腹泻、部分神经症状，由于该场伪狂犬没有净化完全，猪场老板及技术人员根据临床表现怀疑伪狂犬发病，送检仔猪脑、肺、脾等病料至猪病检测中心验证是否有病毒性四大病的感染。
        检测过程：
        本中心收到病料后立即使用常规PCR方法进行检测，初步判定猪瘟、蓝耳、圆环病原阴性，伪狂犬阳性，伪狂犬结果见图1.

图1. PRV检测结果

         从图1可见，该样品S使用PRV gE特异引物扩增，扩增条带略高于阳性对照，根据该条带清晰无拖尾，处于合理的条带波动范围，初步确定该样品为伪狂犬阳性。
        为了更准确的出具检测结果，本中心对该样品进行基因测序。第一次送扩增样品显示无信号反应，第二次增加“胶回收、连接、转化、菌P鉴定”等步骤，挑单克隆菌通用引物测序。NCBI Blast显示，该扩增条带为猪基因组一段重复序列（gender-neutral repetitive，图2），并非伪狂犬病毒特征序列。

图2 克隆序列NCBI Blast比对结果

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