畜禽疫病的发生是一个客观存在，畜禽疫病防控是一项系统工程，单靠某一项措施难以毕其功于一役。防控顾名思义应包括两方面：一是无疫先防、防患未然，二是有疫即控、亡羊补牢。
深化对畜禽营养、环境和免疫的认识
第一，深化环境作用认识。畜禽饲养环境有广义和狭义两个不同的概念。狭义环境主要是指畜禽养殖场自身的生产条件，主要包括温度、湿度、光照、空气、饲养密度等。广义环境是养殖场以外的公共环境，如地理位置、气候条件、农牧资源、经济社会文化条件、疫情动态等。畜禽养殖业主应关注和掌握广义和狭义的环境，为本场生产和小环境发展提供参考和依据。现代物资装备工业迅猛发展，畜禽舍小环境的控制已变得更加科学和高效。空调、地暖等保温措施已得到使用，湿帘、送风机等降温措施使用已较普遍。这些都降低了疾病的发生率。
第二，深化畜禽营养认识。动物疫病的发生与机体的营养状况极为有关。不当的营养供给将导致各类疾病的发生。微生态系统、畜禽本身和外环境共同构成系统的整体，相互影响和制约。比如，肠道内一些低聚糖碳水化合物宿主不能直接利用，而机体内的微生物却可利用。肠道益生菌产生很多生物酶、免疫因子，参与机体的免疫保护。某些营养物质具有免疫生理和药理作用，能以特定的方式刺激免疫细胞增强免疫应答，维护正常适度的免疫功能。养殖要养肠道、调机能、增体质、促健康，道在其中。
第三，深化免疫接种认识。当前，要消除一些养殖场过度依赖免疫接种的做法、忽视其他综合有效措施运用的认识误区。要客观评价接种免疫在畜禽疫病防控中的地位和作用，可从四个方面看，一是从传染病传播发生的三个条件看，要控制传染源（远离、隔离、消毒等）、切断传播途径（虫媒、接触、飞沫等），再免疫接种——保护易感动物。二是从内因和外因两个因素看，畜禽体质健康状况是内因，入侵机体的病原是外因，内因是发病的根据，外因是发病的条件。三是从免疫营养的角度看，畜禽接受疫苗刺激后，机体要发生复杂的免疫反应，要与生长、繁殖、生态系统竞争营养，抑制着畜禽正常的生长。四是从现实生产中出现的问题看，几十年的免疫接种预防，虽然解决了疫病控制的一些问题，但畜禽各种疫病变得复杂已是不争的事实，旧病不去、新病又来，隐性感染、混合感染增多等等，已发人深思。
当然，畜禽接种免疫仍是预防畜禽各类传染病的最有力武器，无可替代。
把握关键环节用好政策健全制度第一，严把引种检疫关。近年，因引种带来的疫病十分严重，比如近年流行的小反刍兽疫，就是从国外带来的。因此，养殖企业从异地引种是动物疫病防控的第一关口，引种单位要查看供种单位的各种资质和管理制度，如有无国家规定的动物疫病净化制度等。供种单位要本着对养殖户负责的精神，详细介绍畜禽品种的健康状况，不得隐瞒病史。要严把动物及产品检疫关，加强各层级（进口、跨省、跨市等）入境动物及其产品的检疫，强化动物疫病区域化管理、活畜禽跨区调运检疫监管等。
第二，严把建场选址布局关。选址和布局是畜禽养殖疫病防控的重要环节，选址布局得当，畜禽疫病防控就可能形成一道天然屏障。目前，农区养殖，不少养殖场距村庄太近，防疫难搞、污染难控。
第三，健全和执行养殖场动物防疫制度。养殖场各项防疫制度的建立和执行与畜禽疫病防控关系密切，主要包括，免疫制度、用药制度、检疫申报制度、疫情报告制度、消毒制度、无害化处理制度、畜禽标识制度以及生产档案、防疫档案、污染防治档案建立等，必须认真制定并严格遵守。
第四，用好法规和政策。目前，与畜禽疫病防控有关的法规政策日臻完善，主要有《动物防疫法》、《畜牧法》、《畜禽规模养殖污染防治条例》等，作为畜牧兽医主管部门，要以此为准绳，把动物防疫中的基本条件不折不扣的落实到畜禽养殖生产中去。畜牧法和畜禽养殖污染防治条例还对畜禽养殖的环境保护和污染治理提出明确要求，对实施健康养殖和生态养殖提供了法律和政策性支持。国家中长期动物疫病防治规划（2012~2020年），自2012年公布和实施，畜牧兽医主管部门应深入学习并贯彻执行。当前和今后一段时间，支持畜牧业发展的惠农政策等涉农项目资金，应兼顾畜禽养殖企业的动物防疫条件改善、污染防治条件提升。
关于监测评估、预警和应急预案的建立和启动
第一，完善监测评估和预警系统。畜禽疫病防控效果需要建立监测评估和预警系统，即时掌握周围及本地区疫情动态。建立疫病监测与控制的专家系统，科学实施免疫抗体监测；加快引进新的疫病监测评估和预警系统，如GIS（地理信息系统）应用等，以准确掌握辖区内畜禽出入境动态。
第二，强化领导组织建设。目前，各级政府正在着手深化各级职能部门的体制机制改革，进一步健全、规范和理顺兽医行政管理、监督执法和技术支撑体系适逢其时。建设健全以官方兽医和执业兽医为主体的新型兽医制度，完善动物执法体系。
第三，应设立应急预案，以防重大疫情的发生。
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