随着人们环保意识的增强，畜牧业生产过程中产生的排泄物对环境污染的问题日益受到人们的重视。由于畜牧业生产逐渐由分散经营转为集约经营，饲养量的不断增加以及兽药、饲料添加剂的使用不当，加剧了畜禽生命活动产生的排泄物对环境造成的污染。在人们对环境质量要求迅速提高的今天，解决畜牧业发展与环境保护的关系成为亟待解决的问题。
畜禽排泄物与环保的问题
全世界家禽数量有39亿只，每年排粪量近5亿吨，而鸡粪更是高达460亿吨。在中国，生猪、家禽年产粪便总量达5.8亿吨，粪水年排放总量高达60亿吨。有资料显示，水中硝酸根含量在20毫克／升~40毫克／升时，对幼龄畜禽健康有影响，而在高蛋白质日粮的情况下，后果会更加严重。同时，畜禽排泄物中还带有生产过程中大量使用的金属化合物以及细菌、病毒、其他微生物等，也会对人类以及畜禽本身造成危害。畜禽排泄的过程以及粪便分解时产生的气体也是环境的污染源之一。
饲料处理与饲养的问题
畜禽排泄物中的营养元素主要来自饲料，通过营养学技术，提高畜禽的饲料转化效率，减少排污(粪尿)，已成为当前饲养学及营养学研究的一个热点。通过补充氨基酸，降低日粮蛋白质，能使氮的排量显著减少。此外，抗生素、益生素、单细胞蛋白和酵母、有机铬等在减少畜禽营养物质浪费方面也有一定作用。
添加饲用酶制剂酶制剂通过补充动物体内消化酶的分泌不足或提供动物体内不存在的酶而提高了饲料的消化率。在饲料中添加酶制剂可使仔猪对饲料的消化率提高10％，生长猪提高5.3％。外源酶制剂的添加增强了畜禽降解饲料的消化能力，从而提高饲料消化率，降低了不可消化营养素的排除。在饲料中添加植酸酶，可水解植酸酶，释放出无机磷盐为动物吸收利用，从而降低动物排泄中磷的含量。
添加合成氨基酸影响日粮蛋白质利用的主要限制因素是氨基酸的平衡植物性饲料很难提供动物需要的理想蛋白质。利用氨基酸平衡营养技术，可在日粮中添加合成氨基酸以降低粗蛋白含量，减少畜禽排泄物中氮的排出量。
控制氮气水平目前，控制畜禽排泄物中氮气水平的产品有丝兰提取物、沸石、钙化物等。丝兰属植物提取物的活性成分可以直接结合氨、硫化氢和甲基吲哚等有害气体，并可促进饲料分解，提高肠道消化机能，促进营养成分的吸收，同时可以抑制微生物区系尿素酶的活性，从而抑制尿素的分解。
精确满足营养需要随动物体重增加，维持需要减少，沉积内容改变，脂肪沉积增加，瘦肉组织沉积减少，而且采食量增加，因而日粮所需营养浓度逐步减低。阶段饲养可以满足动物不同生长阶段的不同营养需要，避免出现营养过剩或不足。多阶段饲养可提高饲料转化率约7％，尿氮可降低14.7％，氨气排出量降低16.8％。
排泄物的处理
畜禽排泄物的处理和利用，是当今世界各国饲料业所面临的共同问题。虽然在这方面的研究已取得了很 大的进展，但由于环境保护的要求日益严格，以及经济和能源条件的限制，排泄物处理问题仍未得到彻底解决。
粪便的生物处理对畜禽粪便进行生物处理是比较有效的方法之一。它主要依靠微生物对畜禽粪便中有机物的降解作用，来降低畜禽粪便对环境的污染程度。生物处理主要包括厌氧生物处理和好氧生物处理。
污水处理对于畜牧场的污水排放，须严格控制其BOD和COD的含量。直接排放的污水中，BOD应低于20毫克／升，总悬浮固体物少于30毫克／升。污水的处理过程包括固液分离、沉淀池沉降、酸化调节池和厌氧池处理、预曝气池充氧，最后进入水生植物塘过滤吸附，从而达到排放指标。
粪便利用现在已有多项关于粪便利用的研究，包括单细胞蛋白质的提炼和新能源的开发。而鸡粪作为反刍动物的饲料添加剂也在许多国家得到广泛应用。但目前在中国，粪便作为肥料还田利用应是最有效的途径。在化肥应用造成的土壤板结等问题日趋严重的今天，利用畜禽粪便代替化肥是改善这一问题的出路之一。当然，由于目前饲料中营养元素的不充分利用以及饲料添加剂的不适当使用，都使粪便不能直接返还农田，否则会造成硝酸盐、磷和重金属的富积，并会对地下水造成污染。一般粪便都需要经过物理、化学或生物处理后，才能还田使用。
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