非洲猪瘟疫苗及检测方法研究进展摘译

    基于等位基因的非洲猪瘟病毒全基因组快速序列分型

  DongyanXiong, XiaoxuZhang, JinXiong, JunpingYu, HongpingWeiDOI:10.1016/j.virusres.2021.198357

  2021年7月，期刊Virus Research发表文章《Rapid genome-wide sequence typing of African swinefever virus based on alleles》，研究人员提出了一种基于等位基因进行ASFV全基因组多位点序列分型的新方法。

  非洲猪瘟病毒（ASFV）爆发期间快速、准确的分子分型对揭示ASFV的多样性和来源具有重要意义。利用开放访问的chewBBACA软件，对41个公开获得的ASFV基因组进行分析，优化参数，寻找等位基因。构建系统发育树的等位基因多达127个，覆盖全基因组的60%以上。

  利用该方法对武汉地区采集的猪全血和猪脾组织的两个亚基因组序列进行了ASFV基因组分析。结果表明，这两个ASFV基因组与我国较早分离的Pig/HLJ/2018株和DB/LN/2018株最接近，这证明武汉的ASFV与中国黑龙江和辽宁早前爆发的ASFV同源。

  与其他全基因组分析方法相比，这种方法可以识别更多信息丰富的基因组区域，用于精确分型，并且对计算资源的需求更少。它也显示出了对直接从宏基因组序列组装的ASFV初级基因组的适应性。此外，通过等位基因调用发现，ASFV特异性遗传标记可用于临床诊断或广泛用于确定保守的治疗候选基因。

  非洲猪瘟病毒内源性内参实时PCR检测方法的建立

  Yin Wang, Lizhe Xu, Lance Noll, Colin Stoy, Elizabeth Porter, Jinping Fu, Yuan Feng, Lalitha Peddireddi, Xuming Liu, Kimberly A. Dodd, Wei Jia, Jianfa BaiDOI:10.1111/tbed.13582

  2021年6月，期刊Transboundary and EmergingDiseases发表题为《Development of a real-time PCR assay for detection ofAfrican swine fever virus with an endogenous internal control》的论文，建立了一种基于非洲猪瘟病毒内参基因的荧光定量PCR检测方法。

  实时荧光定量PCR是一种高灵敏、高特异和快速的ASFV鉴定技术(Section 3.8, OIE TerrestrialManual, 2019)。尽管基于ASFV p72基因的实时PCR检测(又称Zsak检测)(Journal of Clinical Microbiology,2005, 437,112)已经被广泛用于ASFV的检测，但自Zsak检测方法设计以来的15年里，已经有更多的ASFV全基因组序列可用。

  在本研究中，研究人员建立了一种基于ACTB内参基因的实时荧光定量PCR方法，并将该方法与改良的Zsak检测方法结合，旨在更广泛地检测ASFV毒株/分离株。为减少假阴性检测，采用猪看家基因β -肌动蛋白(β - actin, ACTB)作为内部对照。采用GenBank获得的8条ACTB序列和本研究获得的61条ACTB部分序列，以及GenBank获得的1012条p72序列和FADDL获得的23条p72序列分别设计ACTB和ASFV引物和探针，以确保更广泛的宿主和ASFV覆盖范围。对菌株/分离物的覆盖率、灵敏度和特异性进行评价，覆盖率结果显示ASFV菌株/分离株覆盖率较高，为98.4%(978/994)；敏感性结果显示，本方法的检测限为6个质粒拷贝或每反应0.1 ~ 1 TCID50/ml；特异性结果显示仅检测到ASFV分离株和阳性临床样本中的病毒，表明该方法具有较高的特异性(100%的特异性)。对26株来自不同国家的ASFV分离株的检测结果表明，该复合检测方法优于目前在世界范围内广泛应用的Zsak检测方法，说明该方法可作为ASFV检测的替代方法。

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