种猪舍的消毒包括公猪舍的消毒、后备猪舍的消毒、空怀和妊娠舍的消毒，育肥舍和种猪舍的消毒基本一样。
一、种猪舍和育肥舍的消毒要求：
1、一年四季都要严格建立健全消毒程序和规章制度；2、猪群免疫期间要加强消毒；
3、疫苗流行期间要制定相应的应急预案，消毒要采取紧急消毒，以控制传染病的发生和流行。
4、妊娠舍消毒和猪群有呼吸道病时的消毒，一定要选择刺激性小的消毒剂，以防流产和加重呼吸道病（消毒剂的具体选择见后面内容）；5、猪舍消毒时，要按照先清扫，再消毒，30分钟后再冲洗的原则进行；6、产房一定要做好消灭蚊子、苍蝇和老鼠工作；7、门窗要加防鸟网，防止任何飞禽进入；
8、种猪在空怀期或后备阶段要做好驱虫工作，驱虫包括驱体表和体内寄生虫。
二、产房的消毒要求：
1、尽量做到全进全出，做好终末消毒；
2、母猪提前7天进产房，进产房前要对母猪体表进行彻底消毒； 3、经产母猪头三把奶要挤掉，并对乳头、阴户用碘消毒； 4、产房要做到每天坚持消毒一次；
5、保温箱要保持干燥；
6、产房一定要做好消灭蚊子、苍蝇和老鼠工作； 7、门窗要加防鸟网，防止任何飞禽进入；
8、猪舍要按照先清扫、再消毒、30分钟后再冲洗的原则。
三、消毒剂的选择
1.作用迅速，能够快速杀灭大部分的微生物；
2.具有较高的穿透力，持续长效，可对抗有机物干扰； 3.可用于带猪消毒；
4.无皮肤刺激，无腐蚀；
5.无环境残留及累积污染；
6.不易产生抗药性。
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