五、转型改变对疫病防控的影响
生物安全水平得到极大提升，这是疾病防控的基础，主要体现在区域合理布局，准入门槛提高，单位面积内养殖密度减少，自然隔离明显改善。企业间相互影响少，疫病传播机率降低规模化企业科技含量高，管理水平高，建立高水平生物安全生产体系并得以很好执行。养殖环境改善，疾病发生风险降低。
六、疾病防控的新局面
总体疾病的发生率将明显降低，疫病流行将以空气传播疫病为主，散发和地方性流行为主，大面积流行将较易控制。新建大规模企业由于领导人认知不足，管理水平低和人员缺乏的局面一时难以改善，由饲善管理、环境控制导致的健康和疾病问题，几乎每个转型企业都有一个2～3年的调整时期，重要疫病得到控制情况下，一些过去影响较小的致呼吸道疾病的病原将被更加重视。由于饲料不良造成的消化道健康问题很难有明显好转，霉菌和霉菌毒素问题呈防控常态，寄生虫感染会减轻。疫苗和药物的使用种类和数量都将减少，消毒对防病的作用会得到更大重视。种畜禽场的重要疫病净化指标有了达到要求的可能，将有效地降低此类疫病的发生和流行。依赖外部供种程度高的局面短时难以改变，外来病的引入风险依旧。
食品安全问题会逐渐改善，为了人类健康，控制人畜共患病原感染和污染将成为养殖企业重要的疾病防控工作。随着环境污染的治理，环境污染导致的病原变异诱发的新发病将减少。我国的畜禽疾病防控形势将会好转，生产率会明显上升，死淘率下降，料肉比下降，将逐步赶上国际先进水平。
七、面对新局面的疾病防控新挑战
1. 国家和政府的工作。法规、政策、财政上全方位支持饲养方式转变，大力推动区域合理布局，推动绿色、标准化、规模化养殖业发展。
加强国家防检诊体系的完善，合理整合科研、教育、生物制品和兽药企业、规模化养殖集团相应机构的工作，做好疾病发生和疫病流行的动态追踪 ；畜禽健康生产的技术指导和服务工作 ；提升疾病防控的应急能力。加强对外来病的信息情报工作，尤其是对周边国家和被引种国家外来病的信息，要及时建立对外来病的诊断方法并应用于检疫中。加速开展诊断方法的研发，优质诊断试剂的供应。重新审核药品、生物制品的评价标准，尽快适应畜禽生产对产品的实际需求。放宽（新疫病或病原变异造成的新流行时）对急需生物制品的应急审核（绿色通道）。尽快尽早减少因新疫病流行造成的损失。改善疫情申报工作中的现存问题，使疫情及时上畅通无阻。更加广泛听取和采纳广大群众对涉及疾病的重大政策、防控规划、技术规程、管理条例、办法等的评议和意见，防止出现因闭门造车、不切实际而难以执行的结果。探索建立更加适合的食品安全追溯体系，重点健全相关生产记录档案，加强对各生产环节产品的检测监督，保障食品安全。树立企业良知，加大企业自主权，减少不必要的强制管理。鼓励和支持各种相应行业协会的自我管理。切实做好服务工作。
2. 畜禽养殖企业的工作。需要特别加强的工作包括，健全生产中的生物安全体系，这是规模化企业疾病防控的关键。树立企业责任和社会良知，倡导企业精神和文化。探索良好地食品安全的生产构架及管理模式。抓紧关键生产环节的自我检查和严格控制，创立企业品牌。建立行业协会，树立品牌意识，适应市场经济，加强与政府管理部门的沟通和联系，促进企业发展。建立和完善技术保障体系（动保中心、质检部门），为生产提供科学支撑。对健康生产和食品安全极为重要。对生产问题尤其是某些病态表现要全面分析，坚决克服只从疫病进行追寻的片面思维。随养殖方式改变和区域布局合理调整后，饲养管理不良造成的生产问题会更突出。
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