发生洪涝灾害时，大量畜禽因灾死亡，尸体腐烂，病原容易感染扩散，土壤中的大量病原微生物暴露，易污染水源等环境；畜禽抵抗力下降，容易受到疫病侵袭，造成口蹄疫、高致病性蓝耳病，高致病性禽流感等重大动物疫病，以及血吸虫病、炭疽、猪链球菌病、钩端螺旋体等多种人畜共患病的发生和流行。
为做好灾后畜禽防疫工作，灾区应重点抓好以下几项工作：一是及时无害化处理死亡畜禽；二是对饲养场内外环境和屠宰场、交易市场和畜禽尸体处理等场所消毒；三是加强动物疫病免疫接种；四是加强饲养管理和生物安全措施，确保畜禽饲料和饮水安全，确保养殖环境卫生。
一、病死畜禽、粪便的无害化处理
发生洪涝灾害时，由于死亡畜禽体内带有大量微生物，如不及时进行无害化处理，任其腐烂发臭，病菌会到处扩散，不仅污染环境，还容易引发人畜共患病。
（一）处理方法
及时打捞死亡畜禽尸体、集中处理。最简单有效的处理方法是深埋，深埋应选择高岗地带。有条件的地方可以进行焚烧后深埋处理，或直接投入无害化处理池，条件好的地区可以集中定点进行化制处理。
（二）灾区畜禽尸体深埋处理技术要点
1.设施设备。根据死亡动物处理数量大小，准备好作业工具，如卡车（在卡车底层接触面铺垫塑料薄膜）、拖拉机、挖掘机、推土机、装卸工具、动物尸体装运袋（最好密封）等。运输车辆应防止体液渗漏，接触面应易于反复清洗消毒。
2.畜禽尸体运输。动物尸体最好装入密封袋，运输车辆密闭防渗，车辆和相关运输设施离开圈舍和掩埋点时应进行消毒。动物尸体不得与食品、活畜禽同车运送。
3.畜禽深埋坑选择。有足够封土掩盖，土壤渗透性不高（如土壤渗透性较高，掩埋点坑底至少高于地下水位1米），与江河、湖泊、池塘、井水等水体有一定距离，至少100米~150米，另外要考虑便于动物尸体运抵，避开公共视野，距离居民区至少100米，避开洪水经常冲刷之地和岩石层。
特定情况下，饲养场死亡动物可考虑就地掩埋。零散小动物（如鸡等）可掩埋在树根下等地方。
4.掩埋坑体的挖掘。坑体体积一般为动物尸体体积的2倍到4倍。坑体宽度一般不小于1.2米，深度一般为2米，不超过3米，长度要能够容纳所有死亡动物。坑底应相对平坦。如果需要多个掩埋坑，坑间距不小于1米。坑体体积可按动物尸体估计重量计算：动物尸体体积（立方米）=动物尸体估计重量（千克）/1000。
5.掩埋方法及要求。在掩埋坑底铺撒生石灰，然后铺设一些干材；再将尸体置于坑中后，浇上燃油进行焚烧，待焚烧过后，加土覆盖，覆盖土层厚度不得低于1.5米。当小动物尸体数量较大时，可分层焚烧掩埋，每层尸体厚度一般不超过0.3米，中间铺设干材至少0.3米，依次分层焚烧掩埋，最后覆盖土层厚度不得低于1.5米。掩埋过程中，掩土不得压实，以免影响自然腐化。掩埋后，应防止野生动物（野狗、野猫等）刨挖。
6.在无害化处理场周边拉设警戒线和警告牌。防止人员误入发生危险；第一周安排工作人员定时巡查，防止不法分子盗挖畜禽尸体倒卖。
7.对因炭疽等共患病死亡的畜禽尸体，绝对不能直接进行掩埋处置，必须用先焚烧处理，待焚烧彻底后再将焚烧物质一同深埋。
8.对在野外发现的动物尸体也要及时收集进行无害化处理。
（三）工作人员的防护安全
一是工作人员在无害化处置作业时，要穿戴防护服、橡胶手套、口罩、护目镜和胶靴。二是处置完毕后及时清洗消毒，接受健康监测，出现不良症状时应尽快到卫生部门检查。
（四）畜禽排泄物及污水处理
畜禽粪便、垫草、污水都必须全部进入沼气池或集中堆积起来，密闭发酵42天后才可还田使用；对于少量的粪便或垫草可晾晒、干制后集中焚烧处理；饲养场的污水必须经3次沉淀，流出的清水才可排出。告示养殖户，禁止向水源、河流、路边等处随意丢弃畜禽尸体。
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