一个新的结合体：
“我们发现H7N9病毒有很强的变异能力。”南方科技大学副教授贺建奎说。
4月5日，他们从全球共享禽流感数据倡议组织（GISAID）上获得了4个H7N9甲型禽流感的基因组。GISAID创建于2006年8月，致力于改善流感数据的共享。疫情发生后，中国杭州疾控中心和WHO中国流感中心共采集收集并测序了4例患者体内的H7N9病毒基因，公布在GISAID数据库上，这4个患者中有两位来自上海，一位来自杭州，一位来自安徽。
经过几个日夜的奋战，贺建奎所在的研究小组发现，其中一个来自上海病人体内的H7N9病毒，已经发生了不小的变异，他们的研究结果公布在4月7日的国际著名预印本电子文库Arxiv上。“H7N9病毒只有560个氨基酸，但是这个上海病人的H7N9病毒的H蛋白基因已经发生了8个氨基酸变异。墨西哥猪流感爆发早期，开始两周的病毒只发现2个变异，如今我们已经发现8个变异，这说明H7N9病毒的变异能力比较强。”由于H蛋白是病毒用来吸附感染动物细胞的，它的高变异能力可能导致传播感染能力和致病能力的变化，“所以这需要引起我们的特别注意”。
他们提取了1193个已知的流感各种亚型的基因组，做了一个全面的系统生成树和进化分析，结果发现，在新H7N9病毒的8个基因中，H蛋白（表面血凝素）基因来自于H7亚型病毒，N蛋白（神经氨酸酶）基因来自N9家族禽流感，目前尚不能断定是H11N9还是H7N9，其余6个内核基因都来自H9N2。也就是说新H7N9甲型禽流感是由H7家族、N9家族和H9N2这三个病毒的基因重组产生的一个全新的基因，并非是从经典H7N9进化而来。
贺建奎把感染人体的H7N9病毒称为新的H7N9，以往感染禽类的H7N9病毒称为经典H7N9。“禽类感染的H7N9和人感染的H7N9是两个不相干的概念。人体内的H7N9是一个新桌子，桌面和4条腿都是从别的地方拿过来重新组装的，并不是一个旧桌子修修补补而成的。”
“家族是什么意思呢？比如H7家族里面有H7NX，X具体是什么还不知道，可能是1或者3，目前还无法断定，需要更多的数据才能精确地确定出来。这3种病毒都是禽类体内发现的，其中H9N2和H7家族的病毒来自家禽，N9家族的病毒来自野禽，它们在家禽身上完成了重组。”贺建奎说，“这和2009年发生的甲型H1N1流感病毒不同，H1N1是由人流感、猪流感和禽流感病毒重组形成的，而H7N9各组件则是全部来自鸟类。”
4月12日，《新英格兰医学杂志》刊发了一篇题为《一种源自禽的新甲型流感病毒对人的感染》的论文，该论文的共同通讯作者为复旦大学上海医学院袁正宏教授与中国疾病预防控制中心研究员舒跃龙。他们分离到3个H7N9样本，序列分析发现，有6个内部基因从H9N2禽流感病毒中获得，这个结论与贺建奎的结论是一致的。
贺建奎通过序列比对等研究发现，与新H7N9禽流感病毒最接近的病毒多为江浙地区的家禽和野禽，和此次人感染的地点重合，“尤其是H9N2在东亚地区已经传播多年，因此我们推测本次基因重组的地点可能在江浙一带”。他说。此前，国家流感中心原主任郭元吉曾发现，禽流感病毒H9N2可以直接感染人，并致人发病；H9N2很容易跟人的受体结合，在人、鸡、猪的身上，都曾分离到H9N2；很多兽医的血液里，也可以检测到H9N2抗体。
中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室的研究也表明，基因重配的发生地很有可能在中国的长三角地区。该实验室研究显示，H7N9禽流感病毒的8个基因片段中，H7片段来源于浙江鸭群中分离的禽流感病毒，而浙江鸭群中的病毒往上追溯，与韩国野鸟中分离的禽流感病毒同源；N9片段与韩国野鸟中分离的禽流感病毒同源；其余6个基因片段来源于H9N2禽流感病毒。据病毒基因组比对和亲缘分析显示，H9N2禽流感病毒来源于上海、浙江、江苏等地的鸡群。据媒体报道，病毒可能经由韩国野鸟在自然迁徙过程中，和中国长三角地区的鸭群、鸡群自身带有的禽流感病毒进行基因重配产生，被称为“中韩混血”。
该实验室副主任刘文军说：“这种说法不确切，我们的研究还需要进一步证实。并且媒体称H7N9病毒是中韩混血的说法不科学，因为候鸟没有国籍，不能说是哪个国家的鸟。”
贺建奎表示他们的研究结果和中科院微生物所的研究结论基本一致，稍有区别。“微生物所认为N9家族来自韩国的鸟，我们的研究认为尚无法确定N9家族来自韩国还是江浙一带自己的野鸟，这一点还没有足够的证据确定。如果再多一些来自病人的基因序列，我们很快就能确定了。”事实上，2011年韩国，2010年中国江苏，2005年捷克均曾发现禽流感H11N9病毒。英国爱丁堡大学的研究病毒演化的专家安德鲁·兰堡（AndrewRambaut）则倾向于认为N9家族来自于江浙本地以及捷克的鸟。
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