中国农村经济情况要求中国农业政策性金融机构的资金运用包含政策性贷款、政策性投资和政策性保险等多个方面。同时由于中国农业政策性金融机构在逐步改革，单一由农业发展银行提供农业政策性金融支持的方式正在逐步转变，农业银行、国家开发银行也开始经营农业政策性金融业务，混合经营已成为中国农业政策性金融机构转变的方向——在经营政策性金融业务的同时，也要经营以营利性为目的的商业性业务，靠政府财政得到的政策性资金用于政策性的业务，同时政府要积极引导商业化的资金流向政策性金融业务。以利用邮政储蓄存款为例，可以将邮政储蓄存款通过同业存放的方式转移到农业政策性金融机构，农业政策性金融机构将这部分资金用于有盈利性的投资领域，比如农产品研发、农村工业投资等，相比将资金直接存入央行，政府付出的成本就会减少。
一个更大胆的设想，在将邮政储蓄纳入政策性金融机构的前提下，可以将中国农业政策性金融的资金使用分为三部分：一部分是将政府财政资金运用于农村基础设施建设，这部分是纯政策性的业务，没有盈利和可回收性；一部分是将邮政储蓄的部分资金运用到营利性的业务中，比如发放农户小额信贷、为农村企业提供贷款担保和农业保险等，这部分资金虽然营利性低，但可以支持农业经济的发展；还有一部分是市场化的资金来源（包括剩余部分的邮储资金），要将其投放到营利性的业务中去，这部分资金要和商业银行进行竞争，从而获取较高的盈利。
（三）机构管理和所有制形式：日本的农业政策性金融机构和商业性金融机构的区别明显，其隶属于财政省，属于财政省管辖下的一个政府机构，完全的去商业化而成为政府部门。法国的农业政策性金融机构比较独特，是由政府来领导和监督的，但是执行政策性金融业务的基层机构大多是私营的性质。这种方式保证了农业政策性金融机构参与国家农业政策的制定和执行，同时又避免了政府对农业政策性金融机构的业务进行过多地干预，从而保证其运行的效率。韩国的农业政策性金融机构则是介于政府机构和商业机构中间的一种组织形式，它具有合作组织的性质，由农民自愿组成的互助组织居多，同时要接受政府的监督。韩国政府要在农业政策性金融机构的经营业务、资本金状况和经营方式上进行监控，对整个的经营过程进行年度检查。韩国农业政策性金融体系的特色在于建立了完善的监管机制，可以防范违规行为和权力寻租的出现，从而提高经营效率。
农业政策性金融究竟应该采用什么样的所有制形式和监管体系取决于国家的现实状况。日本是靠政府来协调控制从而将邮储资金运用于政策性金融业务的，政府的控制力较强，所以形成了政府所有的政策性金融体制，其监管也是靠政府部门的监管来实现。法国农业政策性金融体制是一种“官民结合”的方式，农业政策性金融在参与政策制定、配合政府农业发展规划的同时，在基层开展商业性业务，形成了独特的“二层级”所有制形式。高层属政府管辖，以政府部门的形式存在并为国家的发展愿景服务，基层却是民营，可多样化地开展业务；高层控制和指导基层的政策性业务经营，但不干涉其他的业务经营。韩国农业政策性金融则是“民间经营、政府监管”的发展模式，由合作互助组织开展农业政策性金融业务，并接受政府引导和监督。
中国农业政策性金融尚缺乏明确的指导原则，从农发行成立开始，政府对其职能的定位一直随着社会背景不同而发生改变。2006年中央一号文件将农业发展银行职能定位在“建设社会主义新农村的银行”，却未对其所有制和经营做出明确的界定。在中国，开展涉农金融业务的金融机构有农业银行、农业发展银行、国家开发银行、农村合作金融机构等。作为专门的农业政策性金融机构，农业发展银行的改革一直在进行，从完全意义上的国有政策性金融机构到市场化的改革，农业发展银行已经在商业化的道路上越走越远。由于其他金融机构的介入，农业政策性金融的混合经营模式势在必行，这就要求政府必须出台相应的法律规范，来界定农业政策性金融机构的所有制形式和监管体系。基于中国现实并借鉴国际经验，可以把中国农业政策性金融机构定性为政府机构，参与政府农村经济政策的制定和实施。农业政策性金融机构负责指导其基层单位对需要支持的农民和农村产业予以支持，而基层组织可以实施多样化的经营方式，允许国有、集体和私营的方式出现，政策性金融业务和商业化的业务分开核算。财政部成立专门的监管机构，对农业政策性金融机构进行全面监管，银监会监督政策性金融机构的资本金状况，纪检部门则负责监督农业政策性金融机构员工的工作，防止寻租和违规行为发生。
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