选择消毒剂应遵循“高效、安全、稳定、经济、方便”的原则。所选用的消毒剂应具有强大的杀菌和杀病毒能力；安全无毒性和残留性，刺激性小，无特殊的臭味和颜色；药剂的有效期长且稳定，与其他消毒剂无配伍禁忌；价格低廉，使用方便，容易得到。
由于各种消毒剂本身的化学特性和化学结构不同，故而对微生物的作用方式也各不相同；而且同种类的病原微生物本身的形态结构及代谢方式等生物学特性不同，对消毒剂所表现的反应也不同。
例如病毒对碱和甲醛很敏感，而对酚类的抵抗力却很大；口蹄疫病毒对酸性消毒剂较敏感；猪圆环病毒对碘制剂敏感；细菌繁殖体对消毒剂敏感，而芽孢则有较强抵抗力。
因此，需要根据消毒剂的特性和微生物的敏感性，有目的地选择合适的消毒剂。如果单种消毒剂确实无法达到良好的消毒效果，可选取一些消毒效果好的复合型消毒剂。
在消毒时还要考虑消毒目的、气候条件、环境卫生、消毒场所（室内、室外、大门消毒池等）、不同要求（空栏舍、带畜禽、饮水等）、疫病流行特点，以及动物品种、健康状况和日龄等情况，选择消毒剂和消毒方法（喷洒、浸泡、熏蒸等）。
例如，常规消毒可用中低效消毒剂，终末消毒、疫情发生时消毒应用高效消毒剂，并适当加大使用浓度；封闭式栏舍可用甲醛熏蒸，开放式场地宜用复合酚或氯制剂等喷洒，笼具可用季铵盐类消毒剂，饮水可用氯制剂、季铵盐，消毒池可用烧碱消毒；污染严重的场地可同时采用甲醛熏蒸、烧碱溶液地面冲洗、漂白粉溶液喷雾3种方法消毒效果更好。
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