农业部农业生态与资源保护总站站长王衍亮认为，一方面要统筹考虑环境承载力及畜禽养殖污染防治要求，推广有机肥还田利用，促进农牧循环发展，研究采取扶持政策，鼓励企业投资有机肥生产。另一方面要大力推行标准化规模养殖，支持规模化养殖场（区）配套建设畜禽粪污处理设施，搞好畜禽粪污综合利用，在种养密度较高的地区建设集中处理中心，探索规模养殖粪污的第三方治理与综合利用机制。
三、保效益 打造全产业链
我国人均耕地面积小，种植业受经营规模的限制明显。相对而言，畜牧业资本密集程度更高，技术集约化优势更明显，在经营规模上更容易突破。专家认为，当前畜牧业存在的问题，大多要靠推动分散养殖向规模养殖转变来解决。
以奶业为例，近年来，我国奶业出现奶荒、奶剩交替发生的现象。2013年奶源紧张时，一些乳品企业争抢奶源，抬高奶价。2014年奶源过剩时，又压级压价、拒收限收。业内认为，我国奶牛养殖和乳品加工脱节，乳品企业只管加工，掌控生鲜乳的收购权和定价权，奶农只养牛，处于弱势地位。乳品加工企业与奶农利益联结机制不健全是造成上述波动的重要因素。
畜牧产业链条长，涉及种养加销等多个环节，建设现代畜牧业，要在前伸后延、流通加工、社会化服务等方面发力。要完善利益联结机制，通过龙头企业带动、兼并、合资、联营等多种方式，鼓励企业向养殖、种植、加工纵深发展。“牛奶生鲜易腐，奶业最应该实行一体化经营。各地要大力培育奶业新型经营主体，健全乳品企业与奶农的利益联结机制，不断提高组织化程度。”农业部部长韩长赋说。
饲草料占养殖成本的70%，是畜牧业的上游。没有优质饲草料，牛羊养殖水平上不去，生产成本降不下来，产业不可能发展好。过去，我国对饲草业重视不足。今后要面向整个国土资源，统筹发展天然草原和人工种草。农业部畜牧业司司长马有祥说，天然牧草是最经济的饲料来源，要保护草原生态，以草定畜，同时，也要抓好人工种草。这几年，内蒙古、宁夏等地在天然草原上种植燕麦草、苜蓿等，有效增加了饲草料。今年，中央财政专门安排7.2亿元资金，支持有条件的省份建设一批标准化牧草生产基地。
“家财万贯，带毛的不算”。山东省畜牧兽医局高级畜牧师李守远说，畜牧业是广大牧民就业增收的主渠道，但受生产成本上升、比较效益下降和疫病风险、市场风险的影响，畜禽养殖波动加大。数据显示，2009年以来，畜牧业养殖成本增加了近40%，许多养殖户增产不增收。2013年的H7N9疫情使家禽业遭受重创，损失过千亿元。生猪价格连续3年低迷，2014年每头肥猪亏损110元。
当前，畜牧业保险覆盖面还不够，畜牧市场调控办法也有限。新形势下如何把畜禽养殖的市场风险降到最低？农业部总畜牧师王智才认为，要借鉴发达国家经验，针对生猪、奶牛等主要畜产品，制定防止生产和价格大幅波动调控预案，完善临时收储等市场调控措施。开展生猪目标价格保险试点，争取在生猪大县尽快推广实施。在实施好生猪、奶牛政策性保险的基础上，逐步开展肉牛肉羊的政策性保险试点。
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