上世纪90年代，读博士渐成热潮。不甘落后的田克恭回到母校中国农业大学攻读博士学位，毕业后转业到归属农业部的全国畜牧兽医总站工作。“回归兽医本行，我在军事医学科学院学到的医学领域的先进技术和理念才能够得以充分施展，而且，发展的空间也更加广阔。”田克恭这样告诉记者。
事实证明，田克恭是有前瞻眼光的。2003年爆发了SARS，2004年爆发了高致病性禽流感，2005年爆发了猪链球菌病，2006年爆发了高致病性猪蓝耳病……发挥才能，大干一场的机会终于来了。
他先后参与研究建立了口蹄疫、禽流感等多种动物疫病的诊断方法，发现了H5N1亚型高致病性禽流感病毒山西变异株和亚洲I型口蹄疫病毒江苏流行株。尤其是在高致病性猪蓝耳病的诊断与防治方面，田克恭深入疫病防控一线，带领科研团队取得了突破性的研究成果，并在国际上产生了重要影响。
那是2006年春夏之交，一种以发病急、传播快、死亡率高为特征的猪“高热病”在我国南方部分地区爆发。由于病因不明，一时无法采取有效的防控措施，导致大批猪发病死亡。疫情发生后，国务院领导高度重视，温家宝总理、回良玉副总理多次批示要求对该病病因、疫源进行调查，要求科学防控，切实采取有效措施，防止疫情扩散蔓延。农业部领导紧急召开会议，周密部署，统筹安排，要求全力以赴快速查明病因。
疫情就是命令。中国动物疫病预防控制中心主任张仲秋立即组织动员、部署猪“高热病”的流行病学调查和病因确诊工作。自毕业后就在动物传染病领域从事研究工作的田克恭主动请缨，在中国动物疫病预防控制中心徐百万副主任的带领下，与遇秀玲博士等几名技术骨干一起，奔赴湖南、湖北等重疫区进行流行病学调查和采样工作。
8月中旬，他们先后在疫情严重的多个疫点采集典型病例，逐一进行免疫组化和PCR检测、病原分离鉴定、基因序列分析和动物回归试验。经过夜以继日的奋力攻关，他们终于抓到了“猪高热病”的元凶——猪蓝耳病病毒高致病性变异株。9月中旬，农业部召开猪“高热病”的病因分析会议，田克恭代表中国动物疫病预防控制中心提出了他们的诊断结论，即变异的猪蓝耳病病毒是猪“高热病”的原发病因。由于报告材料详实，思路严谨，这一诊断结论得到了农业部贾幼陵总兽医师的首肯。
期间，多个科研单位和专家也就猪“高热病”的原发病因进行了广泛研究和系统分析，充分体现了在农业部统一部署下的协同攻关，特别是田克恭的研究工作和诊断结论得到了中国畜牧兽医学会理事长、中国工程院院士陈唤春教授的指点和认可，给予了这个年轻的科研团队极大的鼓励。2007年3月13日，农业部正式宣布造成此次猪“高热病”疫情的主要原因为高致病性猪蓝耳病。6月13号，美国重要在线刊物“公共科学文库”《PLoS ONE》杂志发表了田克恭等关于高致病性猪蓝耳病诊断的文章，为其提供了有力的佐证。2008年10月，该杂志市场与业务发展部总监Liz Allen曾热情洋溢地称赞田克恭对这一领域的突出贡献。至此，田克恭和他的科研团队所取得的成果得到了官方和学术界的广泛认可。
随后，他带领科研团队建立了能区分经典猪蓝耳病病毒和高致病性猪蓝耳病病毒的RT-PCR鉴别诊断方法，获得了国家发明专利证书，生产的诊断试剂盒在猪蓝耳病的防治中发挥了不可或缺的作用。
他带领科研团队研制成高致病性猪蓝耳病灭活疫苗。试验证明该疫苗安全有效，保护率可达80％。2007年，疫苗在全国范围内使用后，猪蓝耳病发病率和死亡率较2006年下降90％，2008年的疫点数和发病数又比2007年分别下降97％和98％，疫情得到有效控制。同时，对迅速恢复生猪生产，缓解当时猪肉供应紧张的局面发挥了积极作用。2008年，该疫苗获得国家发明专利证书。中国农科院农经所评估认为，“高致病性猪蓝耳病灭活疫苗（NVDC-JXAl株)的研发与应用”项目的总经济效益为417.4亿元，年经济效益为41.74亿元。
他带领科研团队研制成高致病性猪蓝耳病活疫苗。2008年8月，在中国兽药监察所组织的7个活疫苗评价试验中，该疫苗排名第一。2009年4月，农业部批准高致病性猪蓝耳病活疫苗JXAl-R株的试行规程和质量标准，颁发了临时生产文号，批准该疫苗在湖北等六省推广使用，在高致病性猪蓝耳病的防控中发挥了更大的作用。
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