抗生素在防治传染病及感染性疾病中起重要作用，如果用药不当，也会产生许多不良后果。因此，在应用抗生素时应注意以下问题：
第一，根据临床诊断，弄清致病微生物的种类及其对药物的敏感性，有条件时，还应做药敏试验，并根据病禽症状轻重而选择对病原微生物高度敏感、临床疗效好、不良反应：较少的抗生素。如对革兰氏阳性菌引起的感染，可选用青霉素、红霉素和四环素类药物；对革兰氏阴性引起的感染，可选用链霉素、氯霉素等药物；对耐青霉素及四环素的葡萄菌感染，可选用半合成青霉素类、红霉素、卡那霉素、庆大霉素等药物；对绿脓杆菌感染可选用庆大霉素和多粘菌素等药物。
第二，剂量使用要适当，太小起不了治疗作用，太大造成浪费并可引起严重不良反应。一般开始应用时剂量宜稍大，以便给病原微生物以决定性打击；对急性传染病和严重感染时，剂量也宜稍大；而肝、肾功能不良时，按所用抗生素药物对肝、肾影响程度而酌减用量。
药物的治疗要视病情而定。一般传染病和感染性疾病应连续用药3～5天，直至症状消失后再用1～2天，切忌停药过早而导致疾病复发。
给药途径也应适当选择，严重感染时多采用注射给药，一般感染和消化道感染以内服为宜，但严重消化道感染而引起菌血症或败血症时，应选择注射法与内服并用。
第三，防止细菌产生耐药性的措施，除了掌握抗生素的适应症、剂量、疗程外，还要注意将有效的各种抗生素药物分期分批地交换使用，同时不要滥用抗生素，特别是发热不明和病毒性疾病，均不宜轻易应用抗生素。
第四，据报道，某些抗生素在治疗疾病时能抑制免疫功能。如庆大霉素、金霉素等。此外，抗生素对某些活菌苗的主动免疫过程有干扰作用，这是由于菌苗中微生物被抑杀，影响抗体产生。因此，在进行各种菌苗预防注射前后数天内，以不用抗生素为宜。
第五，抗生素之间及抗生素与其它药物相混合时，有时能产生配伍禁忌，带来不良后果，应设法避免。
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