自然养猪法对猪舍结构的要求与传统猪舍基本一致，特殊之处在于增加了前后空气对流窗，合理设置垫料池。应按猪群的性别、年龄、生产用途，分别建造各种专用猪舍，如育肥猪舍、保育猪舍、母猪舍等。基本结构为：在猪舍内设置1米左右的走道、一定宽度（1.5米左右）的水泥饲喂台，与饲喂台相连的是发酵床，墙体南北均设较大的通风窗，房顶设通风口，推荐使用饲喂及饮水一体的自动喂料槽。设置水泥饲喂台的目的，一是防止垫料污染饲料，影响采食量；二是夏天高温季节为猪只提供选择趴卧休息凉爽区，以减少发酵床过热对生猪的影响；二是有利于生猪肢体发育，这一点对种猪饲养尤其重要。
1、育肥猪舍
一般单列式比较合适，阳光充足，猪只活动区域大。
如图3，自然养猪法育肥猪舍坐北向南，猪舍跨度为8m，猪舍屋檐离发酵床面高度2.2～2.5m；南面立面全开放卷帘，窗户高2 m左右，宽度在1.6米左右；北面采用上窗和地窗，也可采用与南面同样模式的窗户，屋顶设通风口；在猪舍北端设置1m的水泥饲喂走道，1.3～1.5m宽的水泥饲喂台。为减少猪舍成本，除发酵床外，育肥猪舍也可采用塑料大棚式的结构，也可对现有猪舍进行改造，只要符合夏天通风降温、冬天保温除湿条件即可。
在单列式自然养猪法育肥猪舍，设计饲喂走道整体比饲喂台低15～20cm，到夏季高热季节，可以将过道注入15cm左右的凉水，形成水浴池。每天清晨在自动料槽内加满料后，将每个猪栏栏门打开闩挂在北墙上，让猪只可以自由进出水浴池降温。
垫料池可采用地上式、地下式或半地上半地下式。如果当地地下水位低可采用地下式或半地上或半地下式，如果地下水位高，可采用地上式。为便于管理，防止雨季渗水入垫料池，推荐使用地上式猪舍。规模猪场实行自然养猪法栋舍间距要宽畅些，并且设计过程中注意能小型挖掘机或小型铲车可开动行驶，一般在4m以上。
对于地上式结构、半地上半地下式垫料池结构，一般每个猪舍垫料靠近舍外的一面墙体（或栏舍）留设1.5～3.0m缺口，缺口用木板等遮拦垫料，方便垫料进出和翻耙垫料用。 
图3 育肥猪舍平面示意图
图4育肥猪舍示意图
2、母猪舍
母猪舍又分为妊娠舍和分娩猪舍。妊娠猪舍可采用小群饲养模式，分娩猪舍常采用分娩栏或产床进行饲养，对保暖性能要求较高。
（1）妊娠猪舍
妊娠猪舍可用单列式结构（见图5）或双列式（见图6），其建筑跨度不宜太大，以自然通风为主，充分利用空气对流原理，结合当地太阳高度角及风向风频等因素建造。单列式妊娠猪舍也是坐北向南，猪舍跨度为8～13m，北面采用上窗和地窗，南面立面全开放卷帘，猪舍屋檐高度2.2～2.5m。双列式猪舍坐北向南，猪舍跨度为8～13m，南北面可采用上窗和地窗，窗户开启可使用升降卷帘，猪舍屋檐高度2.2～2.5m，为补充光照，屋顶南面可使用两张保温隔热板配合一张阳光板的方式以增加采光。垫料池可采用地上式、地下式或半地上半地下式，为便于管理，防止雨季渗水入垫料池，推荐使用地上式猪舍。
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