马鞍山牧场曾与当地居民发生过几次矛盾。2006年7月一场暴雨之后，牧场粪尿池溢出污物，超过10吨的牛粪流入丹阳新河，邻近乡镇2个自来水厂因水源污染停止供水，当地政府不得不新铺设了3公里供水管道，现代牧业为此支付了上百万元的赔偿金。
高丽娜解释，当时雨下的太大，从北方刚到南方的公司员工，没想到地面很快有了几十厘米的积水，才造成外泄事故。
一头奶牛每天排粪25-35公斤，尿20公斤，每年产生有机肥在2万公斤左右，足够提供10亩地的肥料。万头奶牛每年的排泄物相当可观。现代牧业正在研究处理措施，以尽量减少污染。目前奶牛粪便和清洗挤奶设备的污水，都排放到沼气池，产生的沼气通过沼气发电机，生成电力供牧场使用。
由于沼气发电量较大，牧场自身无法全部消化，现代牧业正与当地电网沟通，希望将电力送入电网。
在南方，剩余沼液处理是个难题。据现代牧业肥东牧场场长助理李建奇介绍，他们通常将沼液放到周边村民田间地头的沼液池中。当地农民对沼液如何使用还在摸索中，肥东牧场周边曾有农民把沼液当水大量浇地，而烧死了庄稼。实际上，有机肥沼液应该随大量的水一起浇地，或用于广泛施洒。
万头牧场养殖密度很高，塞北三期牧场每个大型奶舍可以盛放2000头牛。这么多奶牛住在一起，采取圈养，疫病控制亦令外界担心。塞北牧场二期场长陈明告诉本刊，他们会给奶牛打各种类型的口蹄疫等疫苗，许多疫苗由政府免费提供，牧场自己也有一些疫苗给小牛打。
“现在的疫病基本都能治疗，关键是怕群体发病，就没办法一一照顾好。”陈明承认有此风险。他称牧场对于疾病防护，目前已经把“能想到的基本都做到了”。邓九强则觉得，封闭式管理能更有效控制口蹄疫等传染性疾病。
迎接“野蛮人”
无论对中国乳业行业还是现代牧业，2008年都是分水岭。
这一年，中国人上了一堂关于三聚氰胺的化学普及课，从此之后，政策监管与产业发展思路都发生重大调整。
此事件后，国家一年内制定出台近10个政策法律法规,例如《食品安全法》、《乳制品工业产业政策》等。2009年7月17日，国家发改委和工信部联合发布《乳制品工业产业政策2009版》，修改了奶源地建设门槛，明确指出，进入乳制品工业的出资人必须具有稳定可控的奶源基地；新建乳制品加工项目稳定可控的奶源基地产生鲜乳数量，不低于加工能力的40%（此要求比2008版乳业政策提高了10%）；改（扩）建项目不低于原有加工能力的75%。
在此之前，原料奶收购价偏低，许多牧场都处于亏损状态，万牛牧场的前景如何，还真难以预测。
可以作为参照系的是长富乳业，它由石匠出身的陈学坤创办，比蒙牛的成立还早一年，“蒙牛模式”先“市场”后“牧场”，而“长富模式”却先“牧场”后“市场”。 陈学坤将80%以上资金都投入牧场，到2005年已拥有34个牧场、奶牛存栏数达3.5万头，号称自有牧场数和奶牛存栏数居全国第一。可就在这一年，蒙牛已成为乳业三大巨头之一时，长富却因举步维艰差点卖给伊利。原因就是长富自己的品牌没做起来，又不像现代牧业这样有个大靠山，处处受制于人。
三聚氰胺事件之后，仿佛一夜之间，大牧场又成了主流。
伊利计划新增20个“奶联社”模式下的牧场，还在呼和浩特建了个1.5万头的大型牧场；三元计划在3－5年内建成2万头乳牛的牧场；飞鹤乳业宣布5年内投资建设10个万头牧场；完达山与河北贝兰德合资成立新公司计划再建4个万头牧场。连蒙牛自己，也计划未来3—5年陆续投入60亿元，建设约20个超大规模的万头牧场。
在这股浪潮中，现代牧业自然成为资本的一个青睐对象。
2007年之后，领先牧业多次增资，到2008年7月，邓源和高丽娜在内197名个人股东持股超过94%，蒙牛马鞍山公司持股1.98%、蒙牛内蒙古公司持股3.96%。
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