因此：
1. 仅靠ORF 5基因序列数据来判断两种病毒样本之间的交叉免疫保护情况是远远不够的。
2. 即便在ORF 5上，我们也不知道各个抗体及胞介免疫目标位点都在哪里（只知道一种中和抗体的作用位点）。
3. 通过RFLP（限制片段长度多态性）切图或同源百分数等指标测量ORF 5序列的"相似性"来预测两种病毒样本之间的交叉免疫情况基本上是没有价值的。
有时与免疫病毒ORF 5序列非常相似的某种PRRS病毒也会导致严重的疾病，而ORF 5序列存在10％以上差异的病毒却不会引发任何疾病（Mark Wagner，私人通讯）。因此，通过基因序列同源性来预测两种PRRS病毒样本之间的交叉保护程度是一种无知的、无益的、令人挫败的尝试。ORF 5 序列完全相同的病毒之间存在完全交叉免疫保护的几率是最大的，但即使这样，假如病毒来自不同的猪群，结果也无法保证。很可能，但不能确定，ORF 5 序列完全相同的两种PRRS病毒样本在整个基因组上也会非常相似。
PRRS病毒的诊断试验以及感染控制
对于PRRS来说，通过试验来确定猪群中没有病毒是很难的。猪只感染PRRS病毒4－6个月之后，其ELISA（酶联免疫吸附试验）抗体反应会消失，即使再次接触同源病毒也是一样。 有些猪会持续感染（扁桃体刮样PCR试验，－ 聚合酶链式反应，－呈阳性），而ELISA抗体反应仍呈阴性。血清中和抗体滴度维持的时间要长得多，然而，现在已经发现血清中和抗体目标位点发生变异的毒株，抗体滴度会呈假阴性，或水平非常低。因此，要想确定某个组群或整个猪群没有PRRS病毒，需要对大量的个体采样，进行抗体试验。只需几头携带病毒的断奶猪就足够对整个肥育群造成感染，可是如果仅在10周龄对10到30头猪进行采样，有可能根本检测不到这几头携带猪。只有当组群PRRS病毒感染率超过10％，才能在30个样本中可靠地检测到一个阳性。可随时间推移不断重复进行ELISA试验，如果每次都得到阴性结果，那么就可以有更多的信心认为猪群中没有PRRS病毒。取扁桃体刮样做PCR试验是活体检测持续感染个体的最好的方法。可以把这个试验作为例行试验，用来检测将要转入猪群的重要的、数量较少的动物，比如种公猪。要想认证某个猪群没有PRRS病毒，必须对全部个体进行测试，所有抗体试验与/或PRRS病毒PCR试验的结果都必须呈阴性。 根据猪群状态或生产问题对PRRS进行控制 急性PRRS（给繁殖群和生长群都会带来损失）
PRRS的临床爆发的时候往往是愤怒和绝望的时候。然而，这也是需要做出关键决策的时候，需要通过决策将PRRS带来的当前及长远的损失降至最低。为了将哺乳仔猪和断奶仔猪的损失降到最低，需要立即实施McREBEL管理措施（限制交叉寄养，实施程序见附录）。疾病爆发的头两周当中如果母猪在发病、采食下降进而影响泌乳，那么可能会得不到最佳的结果。如果不在不同窝之间转移仔猪，那么病弱、生长缓慢的仔猪会仅限于部分窝。这样，与采取交叉寄养的情况相比，就更有利于集中精力进行加护、治疗。要想成功，需要降低死亡率，缓解病情，仔猪不论体重如何，断奶时要有一定的脂肪储备。PRRS病毒可通过针头或其它可能沾血的物件（刀片，等）传播。不要用同一个针头给两窝或两窝以上的仔猪注射。PRRS会损坏仔猪的免疫系统，从而影响其抵抗细菌感染的能力。因此，治疗需要持续较长时间。对于任何治疗之后不见好转的仔猪，应果断实施安乐死，不要让它们到保育舍去传染其它的断奶猪。如果McREBEL措施能得到执行，那么即使断奶时是按体重和性别分群，断奶仔猪的死亡率也可以降低，增重可以提高。从仔猪断奶到肥育猪出栏的整个过程中，必须彻底实行全进全出，以便将地方性PRRS的风险及其持续时间降至最低。
对于母猪群，在PRRS爆发期间同样有许多重要决策需要做。母猪群长期的PRRS问题归因于感染群体当中不同个体之间对病毒的免疫力差异。事实上，PRRS病毒在猪群中并不容易传播，其传播效果也不一致，尤其是在先前感染过PRRS病毒，或经过免疫接种的猪群当中更是如此（不同猪场种猪群感染PRRS之后的血清型转阴过程各有不同）。母猪群当中会有小群的母猪在疾病爆发过程中未曾感染，因此未获得免疫，直到疾病爆发结束后，仍然保持易感（就是所谓的亚群）。现在认为，这种亚群是反复出现临床爆发与经济损失的根源，一旦PRRS病毒再一次在猪群当中传播，这些易感的母猪最终还是会被感染。正因为这个原因，有些兽医和生产者采取措施，在PRRS爆发的时候确保所有的猪都接触到病毒。他们采取的措施是 1）对整个猪群进行免疫接种，或2）确保所有猪只接触到同源的PRRS野毒。接触同源PRRS野毒的方法包括1）让流产母猪四处转移，把妊娠舍和产房的所有区域都覆盖到，2）将感染组织掺到饲料里喂回给猪吃，或用流产母猪、病毒血症弱仔猪的血清给所有猪只注射，3）连续4－6个月对更新后备母猪进行感染，4）连续200天封闭猪群，不再引进新个体（如果新生仔猪当中还有带毒的，就继续延长封闭时间）。
这些措施的目标是让猪群中所有个体对病毒产生免疫，停止排毒，以便让病毒失去新的易感宿主，找不到继续增殖的场所。如果我们不能打断病毒的感染周期（一头母猪向体外排毒，造成另一头新的母猪感染），那么PRRS的长期问题（见下文）就会反复不断地在种猪群和断奶/肥育群当中发生。因此，许多兽医专家都选择这种方案，在PRRS爆发时保证所有的猪都感染病毒，然后封群，目前来看这是获得PRRS全群免疫、既切断切断垂直传播又切断水平传播的最可靠、最有效、最简单的方法。常常有报道称，猪场采取这种措施后，可以更快地、彻底地解决流产率高以及产出感染PRRS弱仔猪的问题。需要声明，本文旨在尽可能全面地提供信息，而不是建议您采取或不采取这种用野毒感染全群的措施。这本是一项复杂的决定，需要考虑猪群的具体情况才能做出。如果猪群先前曾经感染PRRS病毒，现在又出现了再次爆发，这种情况下还需要搞清楚致病的PRRS病毒是和上次相同，还是不同的异源病毒。
如果是感染了与先前不同的异源PRRS病毒，那么是否该让整个猪群感染，以及用什么来源的病毒进行感染，其决策过程也会有所不同。
如果PRRS爆发时用商业性改型活毒苗进行免疫，那么实际效果将取决于该型疫苗与致病野毒之间的交叉保护程度。有可能会观察到短期的效果，表现为临床病例很快消失，但这可能只是因为整个猪群已经受到感染，从而形成了免疫保护，而不是因为转型活毒疫苗的作用。如果接种过转型活毒疫苗而过一段时间之后又爆发PRRS，可能说明疫苗和野毒之间的免疫保护程度低。这种情况下，新转入的后备母猪即使注射了疫苗，仍然会对猪群中的PRRS野毒易感。这样的后备母猪在妊娠期的某个阶段就将被猪群里的野毒感染（可能表现也可能不表现临床症状），而它们所产的仔猪也会受到子宫内感染的威胁。这些子宫内感染的仔猪又会将病毒带到断奶群和肥育群，导致地方性PRRS疾病，给生产群带来损失。如果在不断进行免疫接种的情况下，PRRS疾病仍然持续存在或再次爆发，并且从感染猪只和青年母猪所产仔猪当中都分离到了和第一次爆发时相同的PRRS病毒，那就说明转型活毒疫苗和这种野毒的交叉保护程度很弱，尤其是对于新购青年母猪来说。这种情况下，采用这种交叉免疫保护程度很弱的MLV疫苗会导致猪群产生"地方性PRRS"，给猪场造成长期的经济损失。说到底，要不要用MLV疫苗来进行免疫接种，还是要看是不是用了它就能够带来效益，不用它就会有损失。美国许多养猪生产者发现，他们无法通过任何MLV疫苗免疫程序来使自己的猪场盈利，因为采用疫苗尽管降低了临床疾病的损失，却无法避免持续的、显著的经济损失。于是他们转而采取能够使整个繁殖群对同源病毒产生确切免疫保护的措施，或者决定将这种病毒彻底地从猪场当中根除，然后求上帝保佑不要有PRRS病毒再次侵入。
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