5.3 饲料调配
通过饲料调配防治鸡球虫病和坏死性肠炎的基本原理就是通过饲料配方的优化改善饲料组成，消除抗营养因素，有效维持肠黏膜组织的“完整性(integrity)”。具体措施包括使用酶制剂、酸化剂、霉菌毒素吸附剂、抗菌添加剂和抗球虫药物添加剂等。这方面研究报道很多，但养鸡场和饲料厂应根据实际情况通过试验研究来选择确定最佳饲料配方。
5.4 应用微生态制剂
使用微生态制剂（益生素和/或益生元）是通过微生物的竞争排斥作用改善肠道的微生态环境，抑制产气荚膜梭菌的生长和定植，并通过菌群改变而所致的肠道pH值、短链脂肪酸等一系列的变化，而间接改变球虫寄生的小生境，从而抑制球虫对肠上皮细胞的入侵。这一类的微生态制剂较多，但临床使用效果甚有差异，这可能与微生态制剂本身的活菌数、使用方法、养殖环境与管理等多种因素有关。
因此，一旦球虫感染，必然会激发坏死性肠炎，并对肠道消化、吸收的破坏性极强，持续时间更长，需要补偿生长期（延长上市时间）更长。因此，应尽可能做好球虫的防控干预措施，降低球虫激发梭菌的几率，降低对饲料利用率的影响。
这里需说明的是：球虫感染与球虫病是不同的二个概念：
1.球虫感染是少量的孢子化卵囊被鸡吃了以后，子孢子游离出来，钻入肠上皮细胞内发育成裂殖子、配子、合子的过程，并不一定出现临床症状。
2.球虫病是鸡在一次或短时间内(如一天内)大量摄入致病量的卵囊后，子孢子侵入肠上皮细胞，导致大面积的肠上皮细胞崩解，从而造成广泛性的出血症状和急性死亡。
因此，无论是现代化的集约化养鸡还是传统的分散养鸡（如我国过去的一家一户几只鸡的饲养状况），球虫感染几乎是不可避免的。
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