2.3 免疫系统瓦解，抗病抗应激能力低下
经研究表明，家禽70%的免疫系统分布于肠道，而体内80%免疫球蛋白（抗体）由肠道免疫系统合成。当球虫与梭菌感染导致肠上皮大面积坏死与脱落，因此，分布在十二指肠、空肠、回肠的淋巴滤泡结构破坏、功能丧失，盲肠扁桃体充血出血坏死，免疫机能也随之降低。从而导致鸡群抗病抗应激能力低下。
2.4 饲料蛋白异常代谢，有害物质、气体激增，加剧亚健康体质，呼吸道病高发
球虫与梭菌感染后，肠腺功能受损，肠道健康的酸性环境被破坏，消化酶不能被激活，对饲料蛋白质的分解、消化机能显著降低，或者消化分解不充分，出现大量中间代谢产物，如氨、硫化氢、胺、亚胺、吲哚、酚类等有毒有害物质。由于氨、硫化氢等有害气体的产生，呼吸道受到长时间剧烈刺激，粘膜受损，呼吸道病发病率显著升高；由于产生大量胺、亚胺类等异常代谢物质，导致溃疡性肠炎，肝脏负担加重，亚健康体质加剧；而由于产生更多吲哚、酚类物质，导致体质恶化，鸡自身生命难保，更别说产蛋和增重啦。
3. 鸡梭菌性肠炎的流行特征
任何品种/品系的鸡都可罹患球虫病和坏死性肠炎。鸡坏死性肠炎一般好发于2～5周龄的雏鸡。而鸡球虫病绝大数高发于3周龄后，9周龄之前。但球虫感染实际上从雏鸡出壳进入舍育雏就开始了，由此开始球虫(感染)与鸡、球虫(感染)与产气荚膜梭菌间复杂的相互作用。坏死性肠炎的发病风险几乎持续于肉鸡和蛋、种鸡的整个饲养阶段，而球虫病在60日龄后一般极少发生。
球虫卵囊在垫料和环境中孢子化后对环境因素和各种消毒药的抵抗力极强，除高温(如火燎或80°C以上热水冲洗)外，目前所常使用的各种消毒药对孢子化的球虫卵囊均无显著杀灭作用（只有产氨气的一些消毒药物对未孢子化卵囊有效）；相似地，产气荚膜梭菌在鸡舍环境中极易形成芽孢，也具有对消毒药物和环境的显著抵抗。因此球虫和产气荚膜梭菌的感染对集约化养鸡生产几乎是完全不可避免的。
除在高发年龄上相似或相同外，鸡球虫病与坏死性肠炎在其它流行因素方面也几乎一致。
3.1 饲料因素
饲料组成是影响球虫病和坏死性肠炎发生的主要因素之一，对坏死性肠炎的影响尤其显著。以禾本科类谷物如小麦、燕麦等为基础日粮会增加这二种疾病发生的风险，这主要是这类饲料经胃消化后所形成的食糜粘稠度显著增高，食糜在肠道滞留时间延长并改变肠道pH环境，显著增加球虫入侵和梭菌粘附、产毒素的几率，对坏死性肠炎发生的影响尤其显著。流行病学调查和实验研究都表明，当以小麦替代玉米后，坏死性肠炎发生率增加30%～60%。
饲料中粗蛋白的来源对坏死性肠炎和球虫病的发生也有影响，动物源粗蛋白如鱼粉、肉骨粉、羽毛粉等为主要粗蛋白的饲料更有利于坏死性肠炎的发生。此外，高动物性蛋白含量会升高肌胃的pH值，更有利于梭菌的生长繁殖。此外，饲料中任何能导致肠道pH值升高的因素都会增加坏死性肠炎和球虫病发生的风险。
饲料中存在的抗营养因子、真菌毒素及饲料颗粒等因素也会显著影响鸡球虫病和坏死性肠炎的发生和流行。如菜籽饼等中的丹宁类，可直接作用于肠道黏膜组织导致肠绒毛损伤，并改变肠道细菌的生长、肠道菌群组成和促进产气荚膜梭菌增殖，并可抑制免疫功能，可促进坏死性肠炎和球虫病的发生。真菌毒素作为一类自由基诱生剂在直接损伤肠黏膜结构的同时，对免疫功能产生强烈的抑制作用，有助于球虫病和坏死性肠炎的发生。
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