1、紧急消毒灭源。
洪涝灾害中，土壤中的细菌、病毒、寄生虫卵等因雨水冲刷而暴露，各种污物及垃圾随洪水流淌，造成圈舍、用具、水源、环境严重污染。加上我省夏季高温高湿，灾后各类病原微生物和媒介昆虫等繁衍孳生加快，致使畜禽感染发病及发生疫情的可能性增大，需对养殖环境紧急消毒。一是栏舍外环境消毒。清除溺死动物尸体及污染物；清淤雨水沟、污水沟系统，保持排水畅通；清扫地面并全面消毒，选用消毒液(2%的烧碱水、百毒杀、菌毒敌、农乐等)喷雾或生石灰(或 15%～20%石灰水) 布撒，消毒范围包括栏舍外围 5 米内的地面及栏舍外墙面。清扫后的粪便及污物、杂物等可采取堆积发酵法消毒，即使用塑料薄膜将粪污严密覆盖。二是栏舍内环境消毒。严格饮水、饲喂用具清洗消毒。及时清除栏舍内动物尸体、污泥、粪料及杂物，清洗消毒地面和水泥墙面，地面及墙面可用 2%的烧碱水、20%的漂白粉等消毒；舍内空间可用3%的来苏儿或 0.02%的过氧乙酸消毒，反复消毒2-3次。消毒后加强通风换气，待舍内清洁干燥后畜禽方可转入。还要加大防鼠灭蚊灭虫工作，防止外来病菌携带式交叉感染畜禽。
2、及时无害化处理溺亡或病死畜禽。
受灾过程中不少畜禽被淹死，死亡畜禽体内带有大量的致病微生物，如不及时无害化处理，任其腐烂霉变，病菌会随水、随空气扩散，传播疾病，不仅污染环境，还容易引起人、畜疫病流行。对畜禽尸体，可送无害化处理中心集中处理，暂无集中处理条件的地方可采取深埋。深埋应选择远离养殖场、村庄及水源的高岗地带，挖2米以上的深坑，坑底铺生石灰，将动物尸体及其污染物放入坑内，撒上石灰或消毒药，或浇洒柴油、汽油进行焚烧，然后撒上生石灰或喷洒消毒药水，再覆以厚土压实，并做好标记。洪灾中死亡的畜禽尸体，一律禁止食用或出售。
3、周密防控动物疫病。
水灾后极易引起猪瘟、口蹄疫、炭疽、猪肺疫、大肠杆菌病、沙门氏菌病、巴氏杆菌病、曲霉菌病、螺旋体病、弓形虫病、附红细胞体等动物疫病，要加强灾后畜禽的疫病监测，及时发现和排查疫情隐患，养殖场户对畜禽不明死因的，特别是怀疑有炭疽、口蹄疫、禽流感等烈性动物传染病时，应立即上报，兽医部门要尽快确诊，并对疫区或疫点进行封锁、隔离和消毒，严格按《动物防疫法》有关规定处理，做到早发现早处置，防止疫病扩散蔓延。对当地曾发生过的疫情和当前流行的疫病要密切监控，提前做好相关疫苗补免。水灾后易诱发牛羊寄生虫病，如血吸虫等，血吸虫疫区禁止在洪水淹没的草地上放牧牛羊，要定期开展寄生虫病检测，必要时鉰喂吡喹酮、左旋咪唑、伊维菌素等驱虫药物。灾后不宜立即补栏，在准备补栏的同时，要观察了解本场及周边畜禽养殖的健康状况，一切正常后，方可考虑引种补栏。此外，饲养员要穿戴齐工作服（鞋帽）上岗和勤洗手，特别是发现伤口要及时处理和医治，尽量避免直接接触病死畜禽，防止人畜共患病发生。
4、加强动物免疫。
要根据本地前期免疫工作进度，结合灾后的实际情况和动物免疫抗体监测结果，对尚未免疫或抗体不达标的畜禽，督促实施补免和紧急免疫。严格执行强制免疫措施，各地可组织开展一次灾后畜禽免疫抗体监测，对免疫抗体监测未达到规定保护水平的，要及时补免。必要时对牲畜口蹄疫、猪瘟、猪链球菌、禽流感等动物疫病进行一次紧急免疫，确保免疫密度，提高免疫保护水平，预防灾后动物疫病和人畜共患病暴发流行，确保大灾过后不发生次生灾害。
5、强化动物检疫监督。
灾后畜禽补栏需求旺盛，稍有不慎，就可能引入疫病，灾区要进一步加强产地检疫和屠宰检疫，规范检疫出证行为。加大对饲养、屠宰、运输等环节的监督管理，依法严肃处理抗拒检疫和运输、加工、经营未经检疫的畜禽及其产品等行为，严厉打击贩卖病死动物及其产品的行为，严防病死畜禽流出养殖场、杜绝流入加工、销售环节。
6、加强饲养员管理。
在恢复生产的同时，饲养员要特别注意自身的保护，要穿戴防护服（鞋、帽）和养成勤洗手习惯，尽量避免直接接触病死畜禽，特别是发现伤口要及时处理，感觉不适时要及时医治，防止感染疫病。
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