动物微生态学是研究正常微生物群之间，正常微生物群与动物体内环境之间，动物体与外界之间三者相互关系的多学科相互交叉的一门新兴的边缘学科，具有独特的理论和细胞、分子水平的方法学，而动物微生物制剂是在动物微生态理论指导下采用已知有益的微生物，经培养等特殊工艺制成的生物制剂或活菌制剂称为动物微生态制剂。
1、 起源
动物微生态制剂起源于70年代当时为克服抗生素的抗药性及二重感染，何明清等通过大量调查和研究发表了多篇论文并于1980年发表了《仔猪黄痢及其生物制剂预防法研究》，阐述了采用不产生肠毒素但产生大肠菌的大肠埃希氏菌SY30菌株（07：K+）预防初生仔猪黄痢取得了明显的效果。同年，方定一教授在《仔猪大肠杆菌病防治研究概况》一文中阐述了用NY10（大肠杆菌+乳酸杆菌）预防仔猪黄痢取得了明显效果。1980年四川农业大学《仔猪黄痢病原及生物制剂研究》获得了四川省政府重大科研成果奖。从此，为动物微生态制剂的研究、开发和产业拉开了序幕。
1.1动物微生态理论崛起
SY30与NY10预防仔猪黄痢虽然取得了明显的效果。但其作用机理还是未知数。何明清等1983年以来在国内外多种刊物上连续发表了《幼龄猪、鸡不同日龄不同肠断正常菌群研究》及《病、健猪、鸡不同日龄不同肠断正常菌群研究》以及鲤鱼、大熊猫和家鸭肠道正常菌群研究，随后，相似的报道频频出现。试验证明，幼龄畜禽肠道菌群之间保持相对稳定的微生态平衡，好氧菌：厌氧菌=1：100-1000，优势种群是专性厌氧菌（99%以上），肠道菌群与幼龄畜禽肠道下痢的关系，试验证明病、健畜禽肠道菌群之间的比例，下痢时优势种群发生更替，出现明显的菌群比例失调，好氧菌：厌氧菌=1：1-10，这是幼龄畜禽下痢的主要原因，为防止幼龄畜禽下痢提出了新的微生态失调理论。
1.2生物兽药与动物疾病关系
生物兽药是动物微生态制剂的一个分支。1984-1989年何明清等采用自己研制的调痢生在国内多种刊物上发表了《调痢生调整多种动物下痢的研究》等研究论文，试验证明在不使用抗菌药物的情况下，来自动物的好氧益生菌进入下痢畜禽肠内，在其生长繁殖过程中耗氧，产生多肽、有机酸、未知因子等能有效的抑制病菌，使失去平衡的菌群恢复到原有状态，达到防止疾病的目的。同时，研究发现益生菌是一种非特异性免疫增强剂，能激活畜禽和鱼体内淋巴细胞发育，分化并促进淋巴因子的生成和释放，提高白细胞和巨噬细胞吞噬功能，从而增强动物的免疫功能，与特异性免疫增强剂（疫苗）配合使用，能提高免疫效果。
1.3生物添加剂与动物营养关系
生物首要在防治动物疾病中减少了抗菌药物的用量及对人畜的危害，但对畜牧业、水产业的发展还是微不足道的。在80年代，何明清等着手生物添加剂研究。85期间，由何明清主持的85国家科技攻关项目饲用微生物添加剂研究（包括芽孢杆菌、乳酸菌和光合菌）。类似研究和报道特别多。生物添加剂按一定比例加入饮料中以代替抗生素。生物添加剂中的益生菌在动物胃肠道生长繁殖过程中与动物的营养、代谢和免疫等都密切关系，何明清根据大量研究，把它的功能概括五个方面：（1）酶的活性高，能帮助饲料消化吸收和提高饲料转化率；（2）合成蛋白质、维生素；（3）扶持体内益生菌生长，拮抗致病菌繁殖；（4）是一种非特异免疫增强剂，能增强动物免疫功能；（5）净化环境，降低粪尿的臭味。
1.4生物饲料与动物源绿色食品关系
生物兽药与生物添加剂用于动物肠道疾病、促生长剂和改善环境污染，能减少肉、蛋、奶中抗生素的残留，但动物吃的饲料有的自身含毒如饼类饲料，有的饲料后天获得毒物及人兽共患病原体。故将已知益生菌与有毒、有害饲料混合，经发酵、干燥等工艺制成优质的具有活性益生菌的饲料成为生物饲料。其特点：脱毒、解毒，提高粗蛋白和增加维生素含量，消灭人兽传染病和寄生虫原体（防治生物侵略，避免造成毁灭性打击），净化环境并具有香味和预防疾病的益生菌等，这是“动物食品”的一场革命。因此用生物饲料喂畜、禽和鱼等，其肉、蛋、奶等是安全、放心、无污染、无残留的绿色食品，是人类渴望健康长寿的保健食品。
1.5动物养殖与环境关系
一般饲养的畜禽和鱼等并非无菌动物，而是普通动物，他们的排泄物，分泌物既严重污染环境，又是人兽共患传染病、寄生虫病原体滋生和传播之地，因此对饲养的动物除提供绿色生物饲料外，还须使动物生活在一个无粪、尿污染，无农药等化学药物污染的环境中，以保证肉、蛋、奶等无污染，利于人类健康。
1.6分子生态与基础生态关系
前面提出的五大关系的核心是益生菌、动物体、环境三者的相互关系，而研究的益生菌用语动物和动物的生活环境。因此，对益生菌研究：一是研究不同地区、不同动物、不同内环境正常微生物去定性、定量及分布；二是研究来自天然动物体内的益生菌；三是研究益生菌诱变；四是研究益生菌转基因工程的构建等。用益生菌制成的微生态制剂在特定的环境中发挥特殊的作用已是一种高技术，在此基础上更高层次的分子生态研究在今后应进行深入持久的研究和发展。
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