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工作成本增加，应强化经费保障。电子出证工作需要场地、电脑、打印机和宽带网络等设施设备。实行动物检疫电子出证时，当地财政进行了一次性投入，而电脑、打印机等设备的日常维护费用和墨粉盒等耗材的费用以及交通费用则由基层监督机构承担。经费不足，不仅影响电子出证工作的正常开展，还影响基层监督机构对开展电子出证工作的积极性。动物检疫既是政府行为，又是一项公益性事业。因此，应保障对动物检疫工作的资金扶持，将动物检疫工作经费、人员经费和基本建设经费纳入本地国民经济和社会发展计划，纳入年度财政预算，建立科学、稳定的预算机制和长效投入机制，确保动物检疫各项工作有序、高效开展。
技能要求提高，应加强检疫队伍建设。电子出证易受电脑、打印机、宽带网络等诸多客观因素的影响。因此，官方兽医不仅要具有电脑操作和打印机使用技能，还要掌握电子出证系统、电脑、打印机、宽带网络等一般性故障排除技能。但大部分基层官方兽医年龄偏大，电脑操作不够熟练，出现如无网络信号、打印机卡纸等小故障时便束手无策，严重影响了电子出证的工作效率。应加强检疫队伍建设：充实官方兽医队伍，聘用适量的协检员，强化业务培训，建立健全动物检疫人员的准入、培训、考核、奖惩以及管理等制度，通过制度约束，使检疫人员认真履职尽责。
工作量加大，应推行“现场检疫-报检点出证”的产地检疫新模式。依照《动物防疫法》规定：“动物卫生监督机构接到检疫申报后，应当及时指派官方兽医对动物、动物产品实施现场检疫；检疫合格的，出具检疫证明、加施检疫标志。”实行电子出证后，检疫证明需要通过电脑登录电子出证系统，然后输入检疫信息打印。这样，出具一张检疫证明要用到电脑、打印机、电力、宽带网络等设备。而现有设备，无法做到现场出具检疫证明，只能返回检疫申报点出证。因此，应推行“现场检疫-报检点出证”的产地检疫新模式。该新模式是由官方兽医或动物协检员经现场检疫合格后，出具检疫记录凭证，货主凭现场检疫记录凭证到动物检疫申报点领取检疫证明，这有效解决了不能现场出具电子检疫证明的问题。
加快完善电子出证系统。电子出证系统目前还不够完善，一是实行所有检疫证明电子出证一年多来，A证图标依然在电子出证系统左窗格“手写证信息录入”根目录里，图标位置错位，名称表述不当；二是根据农业部《关于开展全国动物卫生监督“提素质强能力”行动的通知》要求，A证的签字官方兽医必须为县级以上动物卫生监督机构负责人，而当前其他人员也能出具；三是动物标识溯源系统未与电子出证系统互联，电子出证时畜禽标识编码仍需手动逐个录入。应进一步开发和完善电子出证系统，取消“手写证信息录入”根目录，在“电子开证”根目录下添加“动物A证”和“产品A证”两个子目录。同时，设置A证出证权限，要求必须由县级以上动物卫生监督机构负责人出具。建立动物标识溯源系统与电子出证系统互联，实现动物免疫与检疫信息共享。在进行畜禽标识编码录入时，弹出的“添加畜禽标识号信息”对话框中，设置“畜主领用畜禽标识号信息”选项卡，从中可勾选畜主领用的畜禽标识号码，从而减轻录入难度，加快出证速度。
加大投入，研发电子出证配套设备。电子出证系统为动物检疫工作提供了一个利用现代信息技术提升动物卫生监管能力的信息化平台，实现了检疫证明快速出证、检疫和监督信息快速查询、追溯及分类统计等功能。然而，电子出证工作配套的打印机、备用电源等设备研发没有及时跟上，造成不能现场出具检疫证明。这加大了动物检疫的工作量，延缓了动物及动物产品的流通速度，降低了检疫申报人的积极性。建议加大资金投入，研发电子出证专用的携便式打印机、备用移动电源等配套设备，印刷专供打印的全国统一样式的动物检疫合格证明，配备手提电脑和无线网卡，实现现场检疫出证。
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