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洪水期间，粪池满溢，死亡畜禽尸体、各种污物及垃圾随洪水流淌，造成畜禽舍、水源、环境严重污染，深土中的细菌、病毒等被洪水冲刷出来，成为传染源，极易引起畜禽发病。为了切断传染源，消灭病原体，预防和控制动物疫病的流行，特制定本指导意见。
一、畜禽舍及环境的消毒
首先对畜禽场及其周围环境进行彻底的清扫和清洗，对洪水淹过的圈舍要及时排除洪水，清除淤积的泥土、粪便、垃圾及各种垃圾污物。先清洗棚顶，然后墙壁，最后清洗地面，从圈舍的远端到门口，先室内后室外逐步进行，不留死角。彻底清扫清洗后即可进行消毒。圈舍周围地面、道路及运动场可用10％～20％漂白粉混悬液或干粉撒布；也可用1:200倍的复合酚喷洒；对于圈舍周围2米的地带可在冲洗后即撒上生石灰消毒。对于圈舍内外的墙壁，可用1份生石灰加1份水制成熟石灰，然后用水配成10％～20％的石灰乳混悬液，以石灰乳粉刷消毒。舍内阴湿地面、粪池周围可撒布用生石灰1千克加水350毫升化开而成的粉末。对于舍内空间可密闭后用5％过氧乙酸溶液按每立方米2.5毫升喷雾消毒，或进行熏蒸消毒。熏蒸通常用甲醛，事先计算好消毒舍的容积，每立方米用甲醛42毫升、高锰酸钾21克，关闭门窗及通气孔，舍内加温到20℃左右，相对湿度70％以上，一般消毒24小时，而后打开门窗通风。
二、畜禽饮水的消毒
被洪水淹没的水井，要先把井水淘净，清除淤泥，再按体积每立方米水加入漂白粉6～10克，将井封闭6小时后再用；饮水消毒方法简单，事先在另外的容器内调成稀释液，然后放在饮水器或饮水槽内让畜禽饮用。主要是选择有效、安全且又无毒、无副作用及对产品无残留的消毒药。常用消毒剂有：漂白粉，每50升水中加1克；百毒杀（50％）每升水加1～2毫升。
三、带畜带禽消毒
带畜、带禽进行喷雾消毒，比较全面彻底，既能直接杀灭隐藏于畜禽舍内环境，包括空气中的病原微生物，又能直接杀灭畜禽体表、呼吸道浅表滞留的病原体。清除粪便、垃圾后带畜禽消毒。喷雾量按每立方米约15毫升计算，关闭门窗进行，操作时让喷雾器的喷头向上喷雾，使雾滴向下落，雾滴小为好。常用带畜、带禽消毒药使用浓度：0.02％百毒杀；0.2％～0.3％过氧乙酸；0.2％～0.3％次氯酸钠；菌毒敌（复合酚）1:100～200稀释液。注意7日龄以内的雏禽，2周以内的幼畜不宜使用带畜、带禽消毒。
四、畜禽场各种用具的消毒
对于畜禽场是饲槽、料桶、饮水器、水槽、水桶及盆等各种用具彻底清洗干净后可用3％～5％的来苏儿浸泡消毒，或用1％～2％烧碱水来消毒非金属类用具，消毒后的用具须经清水彻底冲洗后再使用。对于畜禽场的汽车、四轮车、手推车、孵化器等设施设备也可先清洗后再移至烈日下暴晒消毒。
五、有关人员个人防护要求
水灾后环境消毒人员应配备工作服、防护眼镜、口罩、帽子、手套、长筒胶靴、毛巾等防护用品。
总之，洪水过后要认真做好消毒工作，切断疫病流行的途径，给畜禽创造一个清洁卫生的环境。
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