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如发现有异常情况，应采取样品送实验室作进一步检验。
在隔离检疫期如发现规定检疫项目以外的动物传染病或寄生虫病可疑迹象的，应进一步实施检疫，并将结果及时报告国家质检总局。
对死亡动物要在专门的解剖室进行剖检、采集病料，查明病因，尸体做无害化处理。
（6）实验室检验
实验室检验是最终出具检疫结果的重要依据。实验项目和结果判定标准依照中国与输出国签定的动物检疫议定书（条款）、协定和备忘录或国家质检总局的审批意见执行。检出阳性结果或发现重要疫情须及时上报上级检验检疫机关，并通知隔离场采取进一步隔离措施。
实验室检验须在隔离期内完成，如遇特殊情况需延长隔离期的须提前向上一级检验检疫机构申报。
(7)检疫结果的判定和出证
对检疫结果判定应严格按照我国与输出国签定的双边检疫议定书或协议中的规定执行，并参考国际标准和国家标准。对实验阳性的动物应出具动物卫生证书。
(8)检疫处理
根据现场检疫、隔离检疫和实验室检验的结果，对符合议定书或协议规定的动物出具《入境货物检验检疫合格证明》，准予入境。对不符合议定书或协议规定的动物按规定实施检疫处理对检出患传染病、寄生虫病的动物，须实施检疫处理。检出农业部颁布的《中华人民共和国进境动物一、二类传染病、寄生虫病名录》中一类病的，全群动物或动物遗传物质禁止入境，做退回或销毁处理；检出《中华人民共和国进境动物一、二类传染病、寄生虫病名录》中二类病的阳性动物禁止入境，做退回或销毁处理，同群的其他动物放行；阳性的动物遗传物质禁止入境，做退回或销毁处理。检疫中发现有检疫名录以外的传染病、寄生虫病，但国务院农业行政主管部门另有规定的，按规定作退回或销毁处理。
(9)隔离检疫结束后2周内，将进口动物检疫工作总结和《进口种畜流向记录表》一并报总局。
(10)资料的收集与保存
对检验检疫中的临诊记录、原始实验记录、文字记载和声像资料要及时归档。实验材料、血清、病理材料、分离到的菌株、毒株要妥善保存至少半年。
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