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硫酸亚铁与棉籽酚结合
中和自由棉籽酚的方法之一是向日粮中添加额外的铁，使其与棉籽酚结合以降低毒性。一般推荐按1:1的水平向自由态棉籽酚中添加铁元素。比如，在1吨的饲料中添加0.5千克的硫酸亚铁会中和30ppm的自由棉籽酚。硫酸亚铁可能会导致便秘，而铁元素通常会促进好氧细菌，比如埃希氏菌的生长。因此，这些进一步的影响应该由能对完整的蛋鸡日粮配方进行审查的合格营养师进行评估，并解决存在的问题。
棉籽粕的另外一个问题是，它会使鸡蛋的蛋清中出现粉红色，这通常是因饲料中棉籽粕的含量过高导致的。这种现象不是棉籽酚引起的，而是由于这种原料中（和一些可能污染其他饲料原料的杂草中）环丙烯脂肪酸的大量存在造成的。不幸的是，这个问题不能通过解决棉籽酚问题的方法解决。真正的解决方案是限制棉籽粕违规批次的水平，直至问题消失。
蛋白质质量
棉籽粕的特点是氨基酸的消化率特别低。比如蛋氨酸在棉籽粕中的消化率只有75%，而在豆粕中蛋氨酸的消化率达到了91%。这种差异使得饲料配方中的消化辅酶成为了一种避免营养不足的必要工具，尤其是棉籽粕水平更高的时候。相比较而言，棉籽粕中所有氨基酸的消化率都不高。
添加水平
尽管有这么多的否定性讨论，棉籽粕在世界上许多地区都仍是一种现成的原料，其价格通常要比豆粕低。因此，实际的问题成了在蛋鸡的日粮中要添加多少的棉籽粕——在不会造成以上问题的情况下。假设在配制饲料的时候考虑到了氨基酸消化率低的问题，棉籽酚的问题也得到了控制，那么在最终的饲料中添加30ppm的自由态棉籽酚问题不大。多数的棉籽粕中自由棉籽酚的浓度是0.1%或1000 ppm，这意味着其最高的水平是3%。一些权威人士将棉籽粕的最高水平设定为10%，而个人认为，这种水平需要通过保守的方法逐步实现，而且要一直评估鸡蛋的内部质量和蛋鸡的总体生产能力。
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