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2.化学屏障作用。通过有益微生物如乳酸菌类产生的有机酸(乳酸、丙酸、乙酸)使消化道内pH值降低，抑制其他病原微生物生长，环境pH值为4时大肠杆菌和沙门氏菌不能增殖，起到了维持肠道菌群平衡促生长的作用，同时消化道内的酸性环境促进了矿物质元素钙、磷、铁以及维生素D的吸收和利用。
3.产生有益代谢物，抑制和杀死有害菌。有益微生物可产生肽细菌素、酶类及少量无机物，可以抑制有害菌的生长或阻止有害菌毒素在上皮细胞的粘附和侵入。如乳酸菌和链球菌产生的乳酸链球菌肽能抑制沙门氏菌、志贺氏菌、绿脓杆菌和大肠杆菌的生长;嗜乳酸杆菌和保加利亚乳杆菌可以产生少量过氧化氢抑制革兰氏阴性病原菌的生长;乳酸杆菌和双歧杆菌产生的胞外糖苷酶可以阻止细菌毒素的入侵。
4.具有营养作用，促进动物生长。微生物发酵饲料中的有益菌本身即为一种高蛋白物质，同时在动物肠道内代谢可产生多种有助于动物营养消化的有益因，从而促进水产动物的生长发育和增重.如芽孢杆菌能分泌多种消化酶(蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶等)促进营养物质的消化与吸收;酵母菌可以产生氨基酸、多种维生素(K、C、B1、B2、泛酸、烟酸、生物素、肌醇和叶酸等)供动物体利用，酵母菌还可以促进植酸酶的产生，提高对磷的利用率。
5.防止有害物质的产生。微生物发酵饲料促进营物质的消化吸收，减少了氨和其他腐败物质的产生。研究表明：饲喂微生物发酵饲料可减少内容物、粪便、门静脉中氨的含量以及肠道中甲酚、吲哚、3-甲基吲哚等腐败物质的含量，减少粪便的臭味，净化环境。
6.提高机体免疫功能。发酵饲料中的有益微生物可以作为一种非特异免疫调节因子，通过细菌本身或细胞壁成分刺激并激活宿主免疫细胞，促进吞噬细胞活力或作为佐剂发挥作用。有益微生物还可以发挥特异性免疫功能，增强动物体内B细胞产生抗体的能力。直接饲用微生物通过促使机体发生体液免疫和细胞免疫，提高畜禽抗体水平，增强免疫功能，及时杀灭侵入机体内的致病菌，从而防止疾病的发生。实验发现乳酸杆菌能够增强机体的免疫能力,一些益生菌能够影响人体免疫系统的应答能力,其影响能力随菌体的不同而变化。
三.微生物发酵饲料的展望
微生物种类众多，资源丰富，开发潜力巨大，同时发酵原料来源广泛,特别是可以利用农产品废弃物，如各种农作物秸秆、糠、木屑、蔗渣、薯渣、甜菜渣及药渣等，通过微生物发酵，内能把大量的基质转化为有用产品，可以减少环境污染，同时又变废为宝，得到产品价格低廉,易于生产推广。为了生产质优价廉的发酵饲料，还需要研发一些规模较大，自动化程度较高的固体发酵设备，不断发掘新的微生物饲料菌种和改良现有的菌种，特别是纤维素酶、淀粉酶、蛋白酶等酶类对发酵饲料很重要，因此筛选此类重要酶制剂的菌种是微生物发酵饲料的重点。
随着当前饲料行业的蓬勃发展，饲料逐步向低药、低残留发展，水产品也渐渐迈向绿色产业革命，因此，生物饲料也必然成为大势所趋.随着分子生物学、微生物学、发酵工程学、仪器科学、自动化科学等学科的发展，也将使微生物发酵饲料成为一种新型动物能源并广泛应用，造福人类。
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