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2.2 细菌耐药性增加
近些年来，由于抗菌药物的广泛使用，细菌耐药性不断加强，而且很多细菌已由单药耐药发展到多重耐药。饲料中添加抗菌药物，实际上等于持续低剂量用药。动物机体长期与药物接触，造成耐药菌不断增多，耐药性也不断增强。抗菌药物残留于动物性食品中，同样使人也长期与药物接触，导致人体内耐药菌的增加。如今，不管是在动物体内，还是在人体内，细菌的耐药性已经达到了较严重的程度。据日本明治制药1996年统计，从动物分离的沙门氏菌，耐四环素的比例分别为：家禽10%、猪58%、牛85%；耐链霉素的比例分别为：家禽8.8%、猪44%、牛34%。刘永先等报道了1998年延安地区1230株临床分离菌对常用抗菌药物的耐药性。G+菌对青霉素的耐药率达98%，对头孢菌素耐药率为10%~20%。G-菌对氨苄青霉素的耐药率为80%，对头孢菌素的耐药率为30%，对氟喹诺酮类药物的耐药率为10%~20%。李春梅等从临床标本中分离的耐甲氧西林葡萄球菌（MRS）对青霉素G、氨苄青霉素、头孢噻吩、庆大霉素、环丙沙星、林可霉素及红霉素均高度耐药。
现在人们很关注的一个问题是动物病原菌的耐药基因是否会传递给人类病原菌。因为已经证实，人与人之间、动物与动物之间均存在耐药基因的传递问题。如那些本身与抗生素没有直接接触，但却与正在或曾与抗生素接触的人是近邻的人，均发现携带有大量耐药质粒。而住在世界上从未使用过抗生素地区的人群体内，也发现了这些质粒。动物的情况也与人相似。而关于人和动物之间耐药质粒的传递问题，一直存在着争论。但有一些实验已经证实了耐药基因是可以在人和动物之间相互传递的。Stuart Levy用携带标记耐氯霉素和四环素类药物pSL222-6质粒的鸟源大肠杆菌菌株感染了两只母鸡，然后他对曾与这些鸡有接触的人进行了两个月的研究，结果在两人中发现了上述质粒。Hunter等从应用阿普拉霉素多年的猪场的仔猪粪便、周围环境、牛舍、牧场主的粪便中分离到了对阿普拉霉素耐药的大肠杆菌，这些耐药菌株中都含有一个相似的大约为62kb编码对阿普拉霉素耐药的质粒，而且这些质粒可以相互传递。1997年日本发生O-157大肠杆菌风波及沙门氏菌中毒事件，后证明与畜禽致病菌及其耐药性有关。
2.3 对临床用药的影响 兽药残留给机体带来毒性，并使细菌耐药性增加，影响着临床常规用药，乃至引起病人的生命危险。主要有以下几方面。
2.3.1给临床诊治疾病带来困难
长期接触某种抗生素，可使机体体液免疫和细胞免疫功能下降，以致引发各种病变，引起疑难病症，或用药时产生不明原因的毒副作用，给临床诊治带来困难。临床上使用苄丙酮香豆素时，常可能导致出血。妇女常出现月经过多、经期紊乱、性功能紊乱等症，且久治不愈。引起这些病症的一个重要原因是肉食品中维生素E的残留，为维生素E可对维生素K产生拮抗作用所致。临床医生一般难以考虑到这一点。维生素E在畜牧生产中称为万能维生素，对于畜禽的生长、保育均有很重要的作用，投放量大，引起的残留量也大。肉制品、脏器及蛋中均有较多残留。
2.3.2 抗菌药物失效，使医疗费用过高，社会负担加重
临床致病菌耐药性的不断增加，使抗生素的药效越来越低，使用标准给药剂量已经不能起到防病治病的作用，必须不断加大剂量才可能有效。而且，在治疗感染性疾病时，医生第一次开的抗菌药物往往失败，病人只好再试几种药物，使医疗费不断增加。辛西亚.吉伯特曾给一位肾病患者以种种抗生素，但令人绝望的是，无论何种片剂、胶囊或注射剂��从普通的氨苄青霉素到最优级的试验新药teicoplanin，病人的血液中仍然含有大量肠道球菌，肆无忌惮，这些细菌慢慢导致红细胞中毒，最后病人由于其血液受大量细菌感染而死亡。在动物养殖中，发生感染性疾病时，若试用几种抗菌药物均无效，不但加大了饲养成本，更由于病程延长，影响了动物的生产性能，使养殖利润下降，甚至血本无归。
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