基础研究：开展农产品贮运和加工过程中营养品质变化研究、营养组分相互作用机理研究；开展大宗农产品营养组分相互作用及加工过程中营养品质变化研究；开展加工新技术对安全、营养等品质影响研究；开展农产品生物制造前沿技术基础研究。
技术开发：开展大宗农产品保鲜、贮藏和运输工程化技术研发；开展新型非热加工、绿色节能干燥、高效分离提取、长效减菌包装和清洁生产技术升级与集成应用；开展传统食品工业化关键技术研究；开发功能性及特殊人群膳食相关产品；开展信息化、智能化、工程化农产品精深加工装备研制；开展酶工程、细胞工程、发酵工程及蛋白质工程等生物制造工程化技术研究与装备研制。
11.农产品质量安全
基础性工作：开展农产品和农业投入品质量安全标准、检测、认证、评估科学数据收集、分析和数据库构建；开展农产品产地环境和农产品中重金属、农兽药及助剂、生物毒素、病原微生物和环境污染物以及潜在危害因子的来源、分布、污染、迁移、传播、转化等调查分析；构建国家农产品品质规格、营养功能等监控评估数据信息网络技术平台及数据库，建立农产品质量安全应急处置、风险预警机制及技术体系。
基础研究：研究农产品全产业链中重金属、农兽药及助剂、病原微生物、生物毒素、外源添加物及环境污染物等危害因子的来源归趋、环境行为、毒理毒性、发生消长变化以及代谢规律和污染控制机理；探索不同生产方式、不同品种、不同产地、不同生长发育期农产品质量安全与品质形成规律，探究集约种养条件下关键危害因子、环境污染、农产品贮运加工与农产品质量安全之间的关系和影响因素；开展农产品产地环境污染物对农产品质量安全影响评价机制研究与农产品安全性评估，提出降解阻抗管理的技术性规范；探索农产品贮运环节质量安全因子代谢变化规律与品质保持机理，探索农产品防腐保鲜添加剂对农产品品质和安全性的影响，探究典型病原微生物污染、持久性有害物质在农产品中的形成规律及控制技术。
技术开发：建立基于不同农产品产地环境安全与生产管控的评价技术标准体系；开展农兽药残留、生物毒素及环境污染物风险评估与残留限量标准研制；建立农产品分等分级、品质规格和营养功能评价标准及技术体系；研发绿色、高效、低毒、低残留新型农业投入品和农产品防腐保鲜添加剂及相应的安全合理使用技术；研究制定农产品生产全程危害分析与关键控制点技术及规范；研发农产品质量和品质及营养功能成分识别评价鉴定技术；研发农产品质量安全快速、精准检验监测评估技术及设施设备；研制农产品质量安全风险评估与营养功能评价用标准物质、标准品、标准样品、核心试剂及数据模型等；建立农产品质量安全监测评估预警技术体系。
（二）重大任务需求
1.区域农业综合解决方案。针对不同区域农业发展的突出问题，实施东北粮仓绿色增效、东北玉米秸秆综合利用、华北麦区控水提效、南方重金属污染防控、西北粮经饲结合、长江中下游地区稻田绿色增效等跨学科、跨领域重大科技任务，突破关键技术瓶颈，形成区域重大问题的综合技术解决方案，实现规模化示范与应用。
2.化肥农药减施重大科技任务。开展化肥氮磷减施增效、农药减量控害的机理与调控途径等研究；高效缓（控）释肥、同步营养肥等新型肥料与化肥替代减量技术、低效高毒农药替代技术及产品研发、高效施肥施药新技术及新装备研发；构建化肥农药减施与高效利用的理论方法和综合技术模式，保证主要农作物在稳产基础上，实现化肥农药使用量零增长。
3.耕地保育与质量提升重大科技任务。在粮食主产区开展深耕深松、保护性耕作、秸秆还田、轮作休耕等研究；针对水土流失、耕地退化、污染等问题，开展中低产田障碍因子消减与地力提升、重金属和有机污染防治、水土保持、土地整治等研究，加强耕地质量调查监测与评价技术、设备研究，建立耕地质量监测体系；研发新型高效土壤改良技术、污染土壤安全利用技术与产品；通过集成与示范，缩小区域“土壤质量差”和“作物产量差”，实现大面积均衡稳产高产。
4.农业用水控量增效重大科技任务。在旱作区开展以集雨、蓄水高效利用为核心的节水抗旱研究；在地面灌溉区开展以测墒灌溉为核心的节水增效研究；在精灌区开展以水肥耦合为核心的水肥一体化研究；在水田区开展以控制灌溉、浸润灌溉为核心的节水减排研究，构建农业用水控量增效理论方法和技术模式，在稳产增产基础上，实现农业用水总量控制目标。
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