（三）分子生物学检测
近年来分子生物学方法也被用到马立克氏病的诊断。较为常用的分子生物学方法是多聚酶链式反应（PCR），这是一种在体外对特异性基因序列进行高效扩增的方法，与以往的病毒检测技术相比，该法具有敏感性高、特异性好、快速、简便等优点。PCR可以用于鉴别一些致瘤性和非致瘤性马立克氏病毒，也可以用于鉴定2型和3型疫苗株。PCR也可用来对组织中的马立克氏病毒进行定量检测，可以区分血液或羽囊中的马立克氏病毒或HVT。PCR检测方法一方面克服了鉴别诊断的困难，另一方面使多重病毒感染的检测成为可能。
在Ⅰ型MDV 的DNA 中的长独特区（UL）和短独特区（US）之间存在着一段132 bp 的重复序列，其重复序列的多少似乎可以作为区别强毒株和弱毒株的标志。一般在MDV 强毒株或vvMDV DNA 中这段重复序列为2～3 个，而弱毒株如CVI988 或Ⅰ型MDV 人工致弱疫苗株的重复序列为9 个左右。根据这一特征建立的PCR 检测方法，可以根据PCR 产物的大小鉴别强弱毒。同时根据Ⅰ型MDV和Ⅲ型MDV（HVT）的A 抗原基因序列分别设计的特异性引物，可以用于Ⅰ型MDV、Ⅱ型MDV、Ⅲ型MDV 之间的鉴别。将这些特异性引物配合使用， 既可以用于MDV 不同血清型的鉴别，也可以用于Ⅰ型MDV 强弱毒的鉴别。此外，PCR 方法具有很强的特异性和敏感性，适用于MD 的早期诊断。
实时定量PCR是指在PCR指数扩增期间通过连续监测荧光信号强弱的变化来即时测定特异性产物的量，并据此推断目的基因的初始量，不需要取出PCR产物进行分离。目前实时定量PCR作为一个极有效的实验方法，已被广泛地应用于分子生物学研究的各个领域。Realtime PCR 常用的两种方法分别为：Sybr green荧光染料掺入法和Taqman探针法。
Sybr green法是在PCR反应体系中，加入过量SYBR荧光染料，SYBR荧光染料特异性地掺入DNA双链后，发射荧光信号，而不掺入链中的SYBR染料分子不会发射任何荧光信号，从而保证荧光信号的增加与PCR产物的增加完全同步。
Taqman Probe法是PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针，该探针为一寡核苷酸，两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。探针完整时，报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收；PCR扩增时，Taq酶的5’~3’外切酶活性将探针酶切降解，使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离，从而荧光监测系统可接收到荧光信号，即每扩增一条DNA链，就有一个荧光分子形成，实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步。实时定量PCR可以准确的检测出一定时间内目标基因在不同毒株中的拷贝数，因此可以区分和定量不同血清型的MDV。
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