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（一）全面清污排水，消毒灭源。洪涝灾害后，要立即排水排污、清栏消毒。特别是暴露出的污物、垃圾要及时清除，防止蚊蝇孳生，常用药物有蝇蛆清、家洁等；还要对畜禽圈舍进行干净彻底消毒，能转移动物进行彻底清栏消毒最好，如不能做到，则应清栏后采用刺激性小、安全的消毒药进行消毒。畜禽舍、运动场要认真清扫，用石灰水、烧碱、过氧乙酸、菌毒灭、百毒消等消毒药定期对地面、墙壁消毒。动物饮水消毒可用漂白粉，每千克水中加1克，也可用病毒灭溶液，按1∶5000的比例进行饮水消毒。
（二）注意通风换气，防暑降温。通风换气既可排除舍内湿热，又能排除舍内污浊的空气，改善圈内的空气环境，缓解高温高湿对畜禽的不良影响，使畜禽感到凉爽。封闭式猪舍可以在圈舍上方加装排风扇或采取开窗的方式进行降温，条件允许的可以在屋顶加装隔热层和安装喷水装备，也可人工喷洒圈舍。采取喷雾或淋浴的方式，每日2-4次，既可散热降温，又可清洁猪只。时间最好安排在饲喂前，在喂食后半小时内不能冲洗。不能突然冲洗猪只头部，防止头部血管突然强烈收缩导致休克。
（三）施行封闭饲养，全进全出管理。洪涝灾害过后，动物抵抗力显著下降，即使遇到少量病原，也有可能引起发病。因此，在做好场内环境卫生的同时，要严防场外病原传入，严格执行封闭饲养、全进全出的饲养方式，禁止一切可疑的动物、物品、人员进场。同时，应暂停引种或购入幼仔苗禽。在饲养的过程中，既要适当提高饲料的营养水平，又要特别注意饲料安全，凡霉变饲料，不经处理严禁饲喂。霉变严重的坚持废弃不用，轻度霉变的经过风吹、冲洗、翻晒后添加吸霉灵、霉消安、克霉宝等脱霉剂或防霉剂处理后，方可饲喂。
（四）科学免疫防疫，保障畜禽健康。灾后对猪瘟、鸡新城疫要注意适时免疫。灾后容易发生的疾病有：猪瘟、鸡新城疫、家畜附红细胞体病、炭疽、球虫病、钩端螺旋体病、腹泻及霉饲料中毒、瘤胃酸中毒等。灾后及时进行驱虫，驱虫药可选用左旋咪唑，家畜每千克体重8-10毫克，家禽每千克体重25毫克，新一代驱虫药阿维菌素也可选用。值得注意的是，使用兽药要在兽医的指导下进行驱虫和用药。
（五）严格无害化处理，确保畜禽产品安全。病死畜禽体内带有大量致病微生物，病菌会随着水流、空气到处散播，易导致畜禽疫病的流行。所以，一定要对病死、溺死动物进行无害化处理。最简单有效的处理方法是将病死、溺死动物选择高岗地带进行深埋，坑深2米以上，尸体入坑后，撒上石灰或喷洒消毒药水，覆以厚土。有条件的地方，也可以用专门的焚烧炉进行无害化处理。
（六）关注畜禽行为，及时报告疫情。发生灾害的地区要进一步加强疫情监测和疫情报告工作，灾后很容易发生疫情，养殖场兽医要及时巡查，及时掌握疫情动态。一旦发现所饲养动物有异常情况，应立即进行隔离饲养。若怀疑为传染病时，应立即上报当地畜牧兽医主管部门，严格按照疫情处置程序科学、依法处置。
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