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生物安全体系主要着眼于为畜禽生长提供一个舒适的生活环境，提高畜禽机体的抵抗力，尽可能地使畜禽远离病原体的攻击，保持动物的高生产性能，发挥最大的经济效益。
1 宏观上利于防疫的选址规划布局
选址原则是远离村镇，地势高燥，通风向阳，环境生态好的地域。
布局科学，规划合理的原则是，功能清晰，分区集中，饲养分区，全进全出。
人物车流有序，脏净分道，人随小车走，货由大车跑，粪污有专道，尽量少交叉。
防疫分等级，发病有预警。按鸡舍、生产区、场区、周边三公里划分四级防疫区，按场区内外疫病流行情况设立红黄橙蓝四色预警。
2 微观上各种防疫消毒建筑与设备
防疫消毒建筑包括隔离室、门卫消毒室、消毒通道、消毒池、接待室、办公室、淋浴消毒室、车间生活室、生产办公室、兽医解剖室、淘鸡室、焚烧室、粪肥处理室。
防疫消毒设备包括紫外线灯、发烟喷雾机、冲洗消毒器具、车间喷雾系统、免疫接种器具、转群笼具与车辆、场内消毒车辆。
3 操作性生物安全
3.1 两苗选择
种苗和疫苗是畜牧场两种最重要的生产要素，也是最容易传入传染病的载体，必须严格选择，掌握源头。在种苗选择的过程中，要对供应商进行调研，观察现场并查阅记录，还可进一步开展采样检验。在疫苗选择的过程中，同样要对供应商的状况进行调研，可对现场进行考察，采样检验，试验验证。
3.2 场地准备
鸡舍以及生产场区的环境洁净程度直接影响到鸡群健康。鸡舍准备，冲洗干净后反复消毒，饲养设备实施准备和消毒。场区准备：清理垃圾杂物、整理环境、反复消毒；工具用具准备：一切生产工具用具均应在进鸡前一起消毒后备用。
3.3 日常消毒
消毒是减少病原微生物和切断传播途径的重要措施。消毒包括了出入场区车间消毒，场区环境消毒，车间带鸡消毒、饮水消毒、包装物消毒、鸡蛋清洗消毒。
3.4 免疫接种
免疫接种是降低鸡群易感性建立特异性免疫力的最有效措施，实际生产中被过分依赖。这其中包括了免疫程序的制定与修改、免疫操作的方法与执行、影响免疫效果的因素、以及免疫效果的评价等。
3.5 药物保健
药物保健是减少鸡群应激反应增强非特异性免疫力的重要措施。药物保健的时间段选择：育雏前期、产蛋高峰期、高温热季、注射免疫时。常用的保健品有多维类、水解电解质类、糖类、免疫增强剂类。
3.6 抗体监测
监测抗体是为了评价免疫效果和了解鸡群抗体保护水平。主要考虑监测的种类、监测频率、监测方法、保护抗体水平的设定。
3.7 灭蝇灭鼠
灭蝇灭鼠是为了减少疫病传播的机会，实际生产过程中往往被忽视。
在时机选择上：做到早，灭蝇宜选择早春蝇虫尚未大量滋生之时，灭鼠宜选择建场头三年老鼠尚未成灾时。在灭蝇灭鼠的方法选择上，建议将业务承包给专业公司。
3.8 下架鸡出场管理
下架鸡出售是最容易传播疫病的环节，需要特别重视与关注。销售场地应该尽可能远离生产场区。出场模式采用接力式，笼具车辆不交叉。
3.9 病死鸡管理
病死鸡带毒是重要的传染源，必须严格管理。病死鸡的收集：从笼内清捡出来时装袋标记放到指定地点；清运：由专人专车指定路线；剖检：按一定比例送剖检室解剖分析；处理：采用焚烧、蒸煮或深埋的方式。
3.10 粪污管理
管理好畜牧场的粪便与污水，既有利于维持好饲养车间和生产场区环境，也有利于控制蚊蝇的滋生，有利于防疫。重点解决好粪污的收集方式，粪污的清运工具与通道，粪污的无害化处理。
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