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有机酸是存在于胃肠道(GI)环境中的微生物发酵而自然产生的酸性化合物。有机酸具有抗菌特性，几个世纪以来都被用于食物储存。在20世纪60年代，人们发现了有机酸在动物养殖方面更具体的应用潜力，当时研究发现有机酸对于沙门氏菌特别有效。最近几十年人们对于有机酸应用的兴趣显著增加，其中主要是由于人们降低动物源性致病菌的愿望强烈，加之欧盟2006年颁布禁令以推动全球减少抗生素使用量。
益生菌
益生菌可以被定义为活的微生物饲料补充剂，可以通过改善肠道平衡影响宿主。大多数益生菌制剂包含乳酸杆菌(LAB)的菌株，呈革兰氏阳性，且为酸耐受性细菌，可产生乳酸(有机酸)作为碳水化合物发酵的主要代谢终产物。为了有效地定殖于肠道，益生菌必须成功的遍布整个肠道并且在极端的酸性环境下生存下来，这种酸性环境是由于消化道上部极低的pH值和遍布整个胃肠道的有机酸造成的。
有机酸和微生物
有机酸的抗菌效果已得到共识。有机酸的不带电荷未解离的部分可以在整个微生物细胞膜自由扩散。在较高pH值的情况下，更多的酸发生解离(离子化)。因此，一旦处在较高pH值环境中，其相比于肠道中酸性部分细胞质中的pH值(通常为pH7)更加中性，结果形成H+离子酸化细胞质，从而对于细胞的pH值调节机制产生压力，而且同时带负电荷的有机酸酸还在细胞内积聚。这同时扰乱了细胞的生理和代谢，如蛋白质和酶会发生变性及氧化损伤、能量消耗，产生渗透压力、损害膜的完整性及功能，所有这些情况都可抑制细胞生长并且导致细胞死亡。
然而，通常人们对于有机酸的抗菌活性认识还不够深入。有机酸抗菌活性的程度取决于特定的酸和微生物。对于酸性环境，微生物有不同的反应策略，包括尽量减少氢(及其他)离子细胞膜的通透性，缓冲细胞质和离子泵机制等。生物体会试图保持恒定的细胞质pH值(通常是接近中性的)，因为这对于其细胞代谢装置(如酶)来讲是最佳的pH值。然而，不同的微生物具有不同的保持pH值恒定和耐受该pH值上下波动的能力。
有机酸和益生菌
考虑到有机酸的抗菌活性，有机酸与益生菌兼容性的问题也常常出现。经常作为益生菌使用的细菌类型(如LAB)具有产酸(乳酸等有机酸)的特性，并且因此可以在一个相对较低的pH值(“防腐的”)环境生存，这种pH值环境可以抑制大部分的病原微生物。因此，很明显，这些类型的细菌更能够耐受低pH值和有机酸。显然，如果LAB类型的细菌不能耐受它们自己的代谢产物以及它们存在的环境，这将是一种自相矛盾的情况。事实上，人们认为LAB类型的细菌一直试图创建这种类型的恶劣环境，创造出自己相比于其它微生物的竞争优势。一直以来，人们通过选择性的使一些细菌生长来抑制其它细菌生长，以达到发酵或保存食物的目的，这本身就是不同类型细菌对于有机酸和低pH值敏感性不同的显著证据。
在养殖中使用益生菌的益处并不是非常明显，但有机酸的效力已被广泛接受。但是，很明显，有机酸和具有一定耐酸性的益生菌合并使用将会是非常有益的，有助于发挥益生菌的全部益处——有机酸会减少“有害”细菌，同时支持益生菌和其他“有益”耐酸细菌在胃肠道的增殖。
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