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从上世纪八十年代开始，肉牛养殖成为我国许多地区新的重要产业。到了九十年代，我国基本形成了中原、东北、西南和西部四大肉牛产业区域，其牛肉产量达到了全国总产量的94%。然而，随着我国经济的高速发展，农村经济结构的变化和农村城市化进程的加快，全国肉牛饲养量锐减，肉牛产业出现了一些影响产业可持续发展的严重问题，突出表现在以下几个方面:
(1)基础母牛存栏数量大幅锐减。农业部统计资料显示，1995年全国肉牛存栏为13205.8万头，到2005年减少为10016.6万头，10年时间肉牛存栏数减少24.15%，平均每年减少2.4%，而宰杀数却以每年3.90/0的幅度增加。基础母牛数量锐减，直接导致架子牛供应严重短缺，出现全国性“牛荒”，肉牛繁育模式也由传统的架子牛育肥变化为直线育肥，增加了肉牛养殖周期，提高了肉牛养殖风险。农户传统养牛主要是役用兼肉用，养母牛既可作役用，还可繁殖犊牛增值。近年来，随着农业机械化程度的提高，役用牛养殖迅速减少，同时由于母牛在出肉率和增重方面较公牛差，导致农户养殖母牛积极性下降。母牛养殖是肉牛业发展的基础母牛存栏数量的不足将严重影响我国肉牛业发展的后熟。
(2)活牛交易市场生意萧条。近几年，专业化肉牛育肥是我国肉牛产业链中最为活跃的环节，在东北、中原和西北肉牛带的发展较快。但是，育肥牛所需的架子牛和犊牛主要靠广大农区通过繁殖母牛来提供。由于繁殖母牛数量的大幅减少，活牛存栏和出栏量趁下降，全国各地活牛交易市场生意萧条。由于肉牛交易量大幅减少，活牛价格一路攀升。
(3)肉牛屠宰加工业处于停产和半停产状态。受肉牛市场供应短缺等因素的影响，全国主要的屠宰加工企业普遍开工不足，甚至许多企业都关门停产。这与肉牛产业龙头企业的产品大多为初加工产品，精深加工产品少，品牌产品不多，高附加值产品更少有关。我国肉牛养殖一直采取的是养、加、销各环节分散的产业链模式，衔接不紧密，“利益井享、风险共担”利益连接机制不健全，对农户养殖肉牛的带动性不强，导致产业的发展藻础不实。
(4)肉牛养殖比较效益不高。根据笔者调研，母牛饲料成本2000元/头和犊牛饲米成本1000元/头，最后犊牛出售可卖到3500元，也就是说农户饲养一头母牛的净收益鱿为500元/头。饲养母牛还可以节省役力费用2000元也就是饲养一年能够赚钱大约250(元，如果没有耕地捆绑着，养殖母牛利润很低。而就饲养育肥牛的情况看，购买一头架于牛需5000一6000元，年出栏20头约需要流动资金10一12万元，如果养的好的话平均每斗牛目前可以赚取500元。1个农民一年饲养出栏20头育肥牛只能盈利1万元。而农民目前外出打工，一人无需投资1年也可以挣到2万元左右。肉牛养殖经济效益不高与高档踌牛比较缺乏有关。目一前我国用于牛肉生产的品种参差不齐，有的属于土种牛、有的属于兼用型地方良种牛，有的属于引进品种与土种牛的杂交后代，也有部分属于淘汰的役用牛，在产肉性能好、生长速度快、肉质好、转化率高方面，与专用肉牛品种有明显差距，导致我国牛肉档次提升难度很大，大多属于中低档次，优质牛肉和高档牛肉的产量较少，比较效益低，制约了肉牛产业的健康发展。
(5)牛肉质量安全问题。牛肉质量安全问题是一个综合问题，不仅仅局限于微生物污染、化学物质残留及物理危害，还包括如营养、食品质量、标签及安全教育等问题。目一前影响我国牛肉质量安全的主要因素，大致可分为兽药残留、违禁药物、重金属等有毒有害物质超标、动物疫病的流行、人为掺杂使假等。动物疫病已成为制约全球肉牛业发展的重大障碍。由疯牛病爆发引起的食品安全事件，尽管我国不存在此病但仍需严加防范。同时周边国家和地区也对我国的疫病防治产生严重的威胁如近年蒙古国爆发的口蹄疫等疫情对我国造成了很大的威胁。在疫病防治方面，我国的兽医工作普遍存在预测预报体系不健全、设备简陋、技术落后和疫病防治无足够物质保障等问题，每年由于动物疫病造成的直接经济损失高达260一300亿元。牛肉掺杂使假，以次充好的问题非常严重，已对国内牛肉市场造成巨大冲击。受经济利益驱使出现的牛肉注水增重，利用病、死牛加工熟食品出售，在牛肉中添加违禁用品以增加保鲜时间和色泽等报纸新闻曾多次报道，给我国牛肉质量安全蒙上阴影。随着肉牛产业的不断发展，兽药、兽用生物制品、饲料添加剂等生化制剂的滥用，环境的恶化也越来越严重，给牛肉的质量安全带来严重隐患。
(6)环境污染与生态破坏。由于畜牧业生产的特殊性，在生产中废弃物数量巨大。由于缺乏相应的废物处理系统和环境保护措施大量的粪便未经处理就露天堆放或排入河道沟渠，而且废弃物中通常带有致病微生物，容易造成土壤、水资源和空气污染，进而危害人类的健康。根据相关研究报告，由于资金的限制我国肉牛养殖的小规模农户基本无法处理肉牛养殖带来的粪便，而大规模养殖户也因为各方面的原因没有配备相应的处理措施。城市郊区的育肥场废水仅仅经过蓄粪池沉淀过滤，而不经过无害化处理就通过地下水管排入城市下水道，致使城市废水的污染负荷成倍的增加，加大城市污水治理的难度;农区的育肥场废水则直接排到附近的沟壑或非饮用水源中，致使育肥场周围的一些灌溉水源或养殖水源水质严重恶化、腐败变臭、富营养化现象严重;影响了农村种植业和水产养殖业的发展。此外，在我国的西北肉牛带，利用天然草原放牧肉牛是这一区域的生产优势，但是草原牧区重利用轻建设，过度的超载放牧，使草原资源受到破坏。草原生态系统的自我调节能力较差，牧区缺乏科学管理过度放牧，这种掠夺式经营使草地退化，沙化严重，草原地区的生态恶化加剧。
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