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疫苗之争
事实上，目前世界对中国动物禽流感的关注，还集中在另一方面——疫苗免疫措施。
在全球范围内，只有中国和越南等几个发展中国家实行给家禽注射禽流感疫苗的免疫措施，欧盟、美国等大部分国家，并不为家禽注射疫苗，而完全依靠“净化”手段达到免疫目的——对疫情严密监控，一旦发生，即刻扑杀发病家禽，并对尸体进行无害化处理。
几乎绝大部分兽医专家都认为，给动物注射禽流感疫苗，最严重的后果是，由于禽流感病毒非常容易变异，疫苗注射将促使病毒进化。
然而，另一位专家指出，在政府采购的情况下，疫苗生产公司为了中标，将精力主要放在公关，并为争取订单，压低成本，必将影响疫苗的质量。理想的办法，是将钱补贴给养殖户，由养殖户自己选择疫苗，引入竞争将使疫苗质量得以保证。
根据国际疫苗学权威杂志《疫苗》在2011年报道，世界动物卫生组织新城疫和禽流感意大利参考实验室的一项研究发现：对比有无进行疫苗免疫国家的禽流感病毒，其进化存在差异。科学家普遍认为，这项研究证明，家禽疫苗免疫政策可能会加快禽流感病毒的进化。
同时，关于中国禽流感疫苗质量不合格的报道屡见报端，在最初开始实施的2005年，一度成为各大媒体的焦点，以至于在2005年年底，中央政府开始下大力气整治疫苗市场。2009年，农业部首席兽医师于康震在接受中国政府网采访时仍坦承，每年进行疫苗质量的监督，总会发现个别批次疫苗不能完全达到质量要求。此外，疫苗失效，也与禽流感病毒变异太快有关。在此背景下，上一年的疫苗对下一年可能就已经失效。对此，一位不愿透露姓名的兽医专家说，其实，自实施强制免疫以来，禽流感疫苗已更新换代了好几次。
但他表示，这样的改革很难进行，中国的疫苗研发已经形成了一个巨大利益链。“本来，对动物疾病本身的研究应当成为科研的重点，但在中国的兽医领域，远超过50%的国家科研经费，都流向了各种疫苗研发。”
为什么不能参考发达国家，干脆在中国实施净化措施？
前述兽医专家向《中国新闻周刊》解释，这与规模化养殖程度高低有关。中国的家禽养殖以散养居多，一旦发生疫情，无法像国外一样及时扑杀，难以有效控制疫情。据统计数据，中国共有养殖禽类总数约150亿只，而肉鸡养殖数量在2000只以下的养殖户占总数的97.9%。
但持不同意见的专家认为，10年前要在中国采取“净化”措施或许并不现实，但今天，至少在东部发达地区，应该开始放弃注射疫苗的免疫办法。赵德明表示，“这已经不是一个科学问题，而是一个政治问题。”
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