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原奶是由乳腺特殊细胞合成并分泌到乳腺腺泡内，整个过程无菌。此后，细菌将主要通过三个途径污染原奶：乳房内部、乳房外部、挤奶设备和大罐。奶牛的健康与卫生、其憩息环境和挤奶操作程序、挤奶设备和大罐的清洗消毒程序均是影响原奶细菌污染程度的关键因素，同样重要的还有原奶贮存温度和时间，这两个因素如控制不当，会使细菌成倍生长。以上这些因素将会对SPC和原奶细菌种类产生影响。
一、 源自乳房内部细菌的污染
原奶从健康奶牛挤出时通常细菌含量极低，一般少于1000CFU/ml。就健康奶牛来说，虽乳房内污染不会影响大罐原奶细菌计数，亦不会对冷却期间细菌增长有潜在影响，但其乳头乳池、乳头管和乳头末端仍可不同程度地滋生各种细菌。奶牛本身携带菌一般不会影响LPC、PIC或大肠杆菌数。健康乳房对大罐原奶SPC的影响微乎其微，而乳房炎患牛可能会排出大量细菌进入原奶，影响程度取决于乳房炎致病菌种类、感染阶段和全群感染率。乳房炎患牛原奶细菌总数可能超过1千万个/ml。如患牛原奶量(细菌含量1千万个/ml)占大罐原奶量1%，那么，即使无其他污染，大罐原奶细菌总数也会达到10万个/ml。
虽其他乳房炎致病菌也会对大罐原奶细菌总数产生影响，但最常见的影响大罐原奶细菌总数的是链球菌类(特别是无乳链球菌和乳房链球菌)。尽管金黄色葡萄球菌有时在大罐原奶可高达6万个/ML，但通常并不视其为致大罐原奶细菌数偏高的常见原因。如大罐原奶里查出乳房炎致病菌，也不一定就表明这些细菌来源于感染乳房炎患牛。其他一些因素也可能会致环境型乳房炎致病菌或类似细菌污染原奶，如牛体过脏、挤奶设备清洗不彻底或原奶冷却不当。有时，会用体细胞数(SCC)来判断大罐原奶细菌总数偏高是否由乳房炎致病菌所致，尤其是针对链球菌类致病菌，但金黄色葡萄球菌相对而言进入原奶数量并不多。经研究发现，大罐原奶细菌总数增高与SCC和环境型乳房炎致病菌(如大肠杆菌、链球菌、阴性葡萄球菌)之间相关性较差。这些致病菌原本就存在奶牛周边环境，可经由其他途径污染大罐原奶。一般而言，挤奶设备肮脏或原奶冷却不当，并不会使金黄色葡萄球菌和无乳链球菌显著增长，这也更有力地证明这些细菌是来自感染该菌的乳房炎患牛。总之，除有时大肠杆菌乳房炎会使大罐原奶大肠杆菌数有所增加外，乳房炎致病菌一般情况下并不会影响LPC和PIC。
二、 源自乳房外部细菌污染
乳房和乳头外部细菌来自奶牛皮肤本身携带菌和其憩息环境及挤奶操作过程。通常奶牛本身携带菌对大罐原奶细菌总数直接影响甚微，而且其中大多数都无法在原奶中与其他细菌竞争而繁殖生长，影响大罐原奶细菌总数的细菌主要来自污粘了粪便、泥巴、饲料或垫料的乳头。
当奶牛憩息肮脏卧床或行走于泥污，其乳房和乳头不可避免地被弄脏。使用过的牛床垫料中会滋生着大量细菌，其数量通常高达1亿到100亿个/克以上。牛床垫料污染到乳房和乳头的细菌包括葡萄球菌、链球菌、芽孢菌、大肠杆菌和其他的革兰氏阴性菌。在乳头表面常可发见嗜冷菌和嗜热菌，说明来自乳房外部的细菌污染，会影响LPC、PIC和大肠杆菌数。
肮脏奶牛对原奶细菌总数的影响程度取决于其肮脏程度和挤奶前清洗步骤。例如，乳头上有1克含有1亿细菌的脏污，落入这头奶牛所挤出的13400克原奶，不考虑其他因素影响，那么该奶牛所产原奶细菌总数将会超过7千个/ml。从肮脏奶牛挤出的原奶可使大罐原奶细菌总数超过1万个/ml。曾做过几项相关研究，来探讨挤奶前乳房清洁技术和大罐原奶细菌总数之间关系。通常，对乳头用消毒液(喷枪、药浴杯或湿纸巾)彻底清洁后，再用干净毛巾彻底擦干，就可有效减少由于乳头脏污而致的原奶细菌数量增高。在这些研究中，对照组没有进行清洁处理，但与粪便、泥污和牛床垫料紧密相关的大肠杆菌数却极低，提示原奶大肠杆菌数偏高还可能有其他成因。
三、 源自挤奶设备清洗及消毒程序的影响
挤奶系统清洁程度对大罐原奶细菌总数的影响最重要，挤奶设备内残留原奶可促进各种细菌生长。乳头管、乳头末端和乳头皮肤本身携带菌在挤奶设备内残留原奶，或在原奶冷却过程中并不显著增长。尽管可能有例外，一些传染性乳房炎致病菌(如无乳链球菌)也是如此。不过，某些环境型乳房炎致病菌(如大肠杆菌)则会在挤奶设备管道内大量生长。总之，环境型细菌(如来自牛床、粪便和饲料)更容易在肮脏挤奶设备内生长。牧场用水也可能是细菌污染源之一，尤其嗜冷菌会在肮脏挤奶设备内和原奶中滋生。
清洗和消毒程序藉清除挤奶设备内残留牛奶来影响其中细菌的生长速度和种类，这些残留牛奶不仅可促进细菌生长，还能提供某种特定细菌的生长环境。某些抵抗力较强的细菌或嗜热菌即使挤奶设备用热水充分清洗后仍会有少量存活。如挤奶设备内有原奶残留(如奶石)，这些细菌就会缓慢持续生长。老化开裂的橡胶件也会促进滋生大量嗜热菌。虽LPC可检测出这些细菌数量的增长，但需要几天或几周时间后，其数量才可增长到影响大罐原奶细菌总数的水平。
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