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（三）结核病的区域化管理
1923 年，加拿大开始执行全国性牛结核病扑灭计划。一是对CFIA监管的屠宰场屠宰牛的90%进行采样检测，对有结核接触风险或是屠宰场采样数量不够的（如鹿科动物）在饲养场进行采样检测。二是一旦确诊发现结核阳性病例，对所有接触过阳性病例的易感动物进行销毁，对阳性病例所在设施被污染的区域进行彻底清洗和消毒，连续4年内对该养殖场后续补栏的畜群进行检测，通过流行病学调查发现其他可能存在风险的畜群。经过几十年的努力，加拿大牛结核病逐年下降。2001 年以来，仅在曼尼托巴省发生7 例结核病例，最后一例发生在2004 年。目前，结核病只局限在曼尼托巴省温尼伯格附近瑞丁山国家公园的野生动物中，国际社会普遍认可加拿大全国已扑灭结核病。为维持无结核病国家的状况，防止家养动物发生结核病，从2002年起，CFIA 对瑞丁山国家公园野生动物结核病实施了区域化管理。一是制定区域化管理方案。调查该公园周边自然隔离条件、易感野生动物种群分布、该地区结核病疫情历史和周边易感动物饲养情况。因历史资料表明，该公园易感野生动物（主要为鹿科动物）活动范围不超过公园周边10 公里范围，CFIA 将该公园和公园周边20 公里范围划为“扑灭区”，并制定相应区域化管理措施。二是实施持续监测。在“扑灭区”及其周边地区，每年对200~300 个家养易感动物畜群进行采样检测。计划在10 年内，至少采集5500 份野生动物样品进行检测。野生动物样品一部分来自CFIA 抓获野生动物采集的血清样品，另一部分来自狩猎季节猎手捕获的野生动物。三是限制区域内易感动物向外移动。与其他国家不同，加拿大对动物离开产地没有检疫要求，动物在加拿大境内自由移动。但是CFIA 要求结核病“扑灭区”内易感动物离开该区域前，必须经结核病检测，并获得CFIA 开具的证书。四是对养殖场采取必要的生物安全措施。对“扑灭区”内家养易感动物养殖场，要求设立围栏，避免家养动物与野生动物接触。
（四）口蹄疫等重大外来动物疫病的区域化管理
CFIA 针对口蹄疫制定了一项区域化管理方案。该方案通过在位于曼尼托巴省和安大略省交界处（西鹰湖）连接东部和西部的唯一一条公路上设卡，将加拿大分成西部（不列颠哥伦比亚省、阿尔伯塔省、曼尼托巴省）和东部（安大略省、魁北克省等）两个部分。目前，CFIA 要求从西部（或东部）所有经西鹰湖地区向东部（或西部）运输活牛，都必须填写一份表格，列明牛的标识编码、原产地和目的地，并通过网络上传牛标识数据库。CFIA 将在西鹰湖检查站对运输的活牛进行检查，对于没有填写上报表格的，补填数据并上传。如此，一旦口蹄疫传入加拿大东部（或是西部），CFIA 可以追踪到发生口蹄疫地区运往西部（或是东部）的活牛去向，进行追踪处理，从而达到维持西部（或是东部）无口蹄疫状况、保障西部（或是东部）地区出口贸易的目的。该计划自2001 年开始设计。2005 年~2006 年，在西鹰湖地区设臵检查站，健全相应信息填报、上传、管理制度。2007 年初，要求填写活牛移动数据。2007 年7 月，对该计划进行了测试。下一步，CFIA 计划逐步研究对猪、羊等口蹄疫易感动物跨区移动采集信息，并根据区域隔离条件等情况，逐步细化区域化管理方案，将加拿大区分成更多区域。
三、生物安全隔离区
加拿大的生物安全隔离区最早用于野生动物和家养动物。一些疫病在一些地区和国家家养动物中已被扑灭，但在野生动物中存在，因此引入生物安全隔离区划的概念，对养殖场和家养动物采取必要的、合理的生物安全措施，从而避免野生动物疫病向家养动物传播，保证家养动物的无疫状况。但近年来，生物安全隔离区划概念越来越多地被用于按生产链条划分不同的独立的生产体系。
目前，加拿大主要以行业协会为主开始操作。协会先将各生产体系、饲养场进行安全区划，并按照OIE 要求，制定安全隔离区划的标准和指南等相关文件，提供给生产者实施。这些标准和指南正准备上升为CFIA 的标准，最后上升为国家标准。由于目前生物安全隔离区划还处于探索阶段，加拿大遗传物质出口协会在圭尔夫的家禽基因公司开始了六年的生物安全隔离区划试点，建立了完善的生物安全控制体系，成功的净化了该火鸡养殖企业的沙门氏菌，繁殖的火鸡种鸡已成功出口到40 多个国家和地区，但CFIA 目前还没有开展生物安全隔离区的认证评估工作。
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