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目前我国的强制免疫病种达到四种：牲畜口蹄疫、高致病性禽流感、高致病性猪蓝耳病和猪瘟。实践证明，实施强制免疫对有效防控这些重大动物疫病发挥了十分重要的作用。但是，强制免疫工作在基层实施过程中也暴露了一系列的问题，有待相关管理部门及有关方面进一步研究并加以解决。
一、强制免疫病种疫苗全免费是否是好事情
从2001年国家决定对口蹄疫实施强制免疫开始，有关部门就出台了疫苗经费由各级财政分级负担的管理办法。随着免疫病种的增加，国家对四种强免病的疫苗经费各级财政承担比例也都有明确的规定，并要求各级财政把强免疫苗配套经费纳入财政预算，这充分体现了国家政策对畜牧业的支持与扶持，也有利于减轻农民负担。但是笔者近两年在动物防疫工作督查中发现强免疫苗全免费未必是件好事，有两大弊端：一个是人为造成疫苗浪费，另一个是影响免疫效果。随着规模养殖比重的不断增加，为了避免交叉传播某些疫病，养殖场均配备了自己的防疫技术人员，多数养殖场的强免是在乡镇兽医站和村级动物防疫员的监督下实施的，但这种监督不可能是全方位的，场主或本场技术员或多或少存在这样的思想，反正这些疫苗不要自己掏钱，要么不注意疫苗的保管，要么随意加大免疫剂量（主要是猪瘟），从而造成疫苗浪费、免疫效果不确切和免疫麻痹现象发生。笔者就在一个养殖场亲眼发现这样的现象，场方把领回的强免疫苗放在常温下，而把自己外购的非强免疫苗放在冰箱里保存，虽然是个例，但不能排除这种现象有一定程度的普遍性。在一些偏远地区的小规模户和散养户中，情形又是另外一种，群众认为不要钱的东西不会是什么好东西，怀疑防疫效果，因而对强制免疫产生抵触情绪，防疫员不得不花费大量时间去解释和宣传，影响了强免工作的开展。因此，笔者认为，由养殖场（户）适当承担一定的疫苗费用可能更有利于减少浪费，有利于工作开展，有利于保证免疫的质量。
二、妥善解决疫苗副反应引起的畜禽死亡问题
免疫接种对畜禽无疑是一种应激反应，通过多年强免工作的开展，群众防疫意识有了很大的提高，对畜禽的生长和产蛋等生产性能的影响多能接受，但强免副反应造成畜禽死亡就不那么好办，这也是多年来一直困扰基层防疫工作的一个老大难问题。其后果一是影响部门形象；二是影响防疫员声誉；三是影响强制免疫进度。前几年曾经采取了由县级认定、市级上报、省级审核、疫苗厂家承担部分补偿的办法，一定程度上缓解了这个矛盾，但是由于操作繁琐，个别地方人为虚报反应死亡数谋利而又难以核准，致使该做法于2005年被迫终止执行。笔者认为，采取建立专项基金的办法可以较好地解决这个问题。其运作方法是：按照各省疫苗采购量，由疫苗生产厂按一定比例向每个省划拨一定的资金，省里按照各市的疫苗采购量分配到市级畜牧兽医管理部门，市里按照各县、市、区的疫苗采购量分配到县级畜牧兽医管理部门。这样，一旦有疫苗反应死亡的畜禽即可由县级动物防疫机构立即进行补偿。根据近几年疫苗反应造成死亡畜禽的百分比实际折算成疫苗采购量，家畜疫苗的比例定为0.5%、禽类定为0.3%比较适宜。这种做法操作简便，不仅能妥善地解决多年来基层防疫的一大难题，而且也有利于刺激疫苗生产厂家增强责任心，改进生产工艺，提高疫苗质量，使其在生产、运输等环节严把疫苗质量关。
三、处理好程序免疫与集中免疫的关系
自2007年以来，强制免疫病种已增至四种。而且随着经济不断好转，国家对畜牧业的扶持力度还会进一步加大，强免病种还有增加的可能，与此同时，基层强制免疫的操作难度也越来越大。严格地说，要使畜禽产生较强的免疫力，最科学而有效的方法是根据畜禽体内抗体水平高低来实施程序化免疫。而目前的强制免疫还是春秋两季集中强免结合平时补针的办法，仅猪就要打三针（口蹄疫、高致病性猪蓝耳病和猪瘟），这就存在着时间与质量的矛盾。为了不影响免疫进度，在集中强制免疫季节，防疫员不得不一次在一头猪身上打两针甚至三针，不仅加大了副反应出现的几率，而且几种疫苗的相互干扰对免疫抗体或多或少会产生影响，从而降低免疫的质量和效果，也对强免以外的链球菌病、伪狂犬病、细小病毒病、乙脑等常见多发病的免疫安排产生影响。当然，这种情形在规模较大的养殖场（户）要好得多，因为他们多数是按免疫程序定期施行疫苗接种的。在目前规模化养殖比重还不是太高的情况之下，笔者认为，为了确保强制免疫的效果，各级动物防疫部门要全力推行常年防疫的做法，尽可能根据畜禽体内抗体水平高低合理安排免疫时机，使对散养户的免疫也走上程序免疫的道路。
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