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《纲要》的战略目标对中兽医药的发展同样具有重要指导意义，鉴于中兽医药普及性远远低于西兽医水平的现状，建议：积极培育新型中兽医药人才，组建中兽药规范化研究中心，加强中兽药应用基础研究，建立我国中兽药现代研究开发体系，建立中药系列标准规范；主导研究开发符合市场需求的现代中兽药，同时强化中药知识产权保护。与企业一起促进我国科技先导型中药产业，拓展中药进入国际医药市场的渠道，加速推进我国中兽药进入国际动物医药市场。这将有助于加快兽医中药现代化的进程。
我们知道，中兽医药学理论体系，具有十分丰富的哲学、辩证法思想内容，产生于数千年前的我国古代，由于历史条件的限制，未能与现代科学结合，缺乏现代科学含量，妨碍了中兽医药在现代养殖行业的应用。在现代科学飞速发展的今天，实有必要在保证和提高中兽药疗效的原则下，以辩证唯物主义和历史唯物主义为指导思想，运用现代科学的知识和方法，根据中兽医药学理论体系的内部规律，对中兽医药学理论体系进行客观和认真的研究，使其具有现代科学内涵，以便将其纳入现代科学的轨道，推动中兽医药事业的发展。
需要指出的是，中兽医药学理论体系全盘西化不但是非常有害不可取，而且还要强化中兽医药理论向现行兽医防疫技术模式中的渗透和应用。因此疗效确切、效果突出；安全性好、科技含量高以及经济效益突出的中兽药开发研究应是今后的主要趋势。要针对畜禽养殖中出现的常见病、多发病，开发疗效确切的系列中兽药，畜禽中兽药的研制开发必须按照中西结合畜禽防疫技术模式的客观需要，以市场需求为导向，融合中兽医学的理、法、方、药，把开发新中兽药与畜禽养殖行业的配套技术结合起来，使其具有现场指导和应用的可操作性。如针对养禽业、养猪生产、草食家畜、特种养殖等不同发病特点与实际防疫技术模式的配套研究，同时作为进入养殖现场的切入点，以求切实解决生产实际问题。
1. 加强中兽药应用基础研究，提高中兽药产品开发的科技含量
运用现代科学技术，加强中兽药基础理论研究。多学科配合深入进行药性理论、组方理论、方剂配伍规律、中药药效物质基础及其作用机理等研究，积极开展中药基因组学、蛋白组学等的研究，重视中兽医药基础理论的研究与创新，特别是与中兽药产品开发密切相关的理论研究。
与国外水平相比，国外天然植物药产品以植物药单一的化学结构、明确的作用机理、量化质量标准在饲料药物添加剂促进生产性能发挥等方面见长；而我们开发的产品以深厚的中兽医学理论指导的整体观念、辨证施治见长，形成的中药复方对各种复杂的病症不仅能提高生产性能、增强机体免疫力，而且以能对疾病进行有效的预防和治疗为优势。
应当注意的是，中药药理学的研究将有助于提高中兽药产品开发的科技含量，在中兽医药理论指导下，运用现代科学方法研究中药与机体(包括病原体)相互作用及其作用规律，为中兽医临床优化给药方案提供基础和依据；可阐明中兽医药防病治病机制；为中兽药新药设计提供理论基础和方法以及评价中兽药制剂和中成药的质量。现代中兽医学的创始人于船先生指出，“应进一步继承和创新，并提高现代科技含量，以增加方剂中有效成分、药物作用机理、量化质量标准的透明度和可控性”。
中药药理研究的特色就是如何体现在中兽医药理论指导下进行中药药理研究，如果对中药进行的药理研究脱离了中兽医药理论指导，忽略了整体观念，或是在研究中仅对中兽医药理论的个别内容片面引论一二、牵强附会，充其量是把中药当作寻找化学药物的一个研究对象去研究而已，所以两者的实质区别在于中医整体观念的非加和性――1＋1>2。因此在中药药理学的研究中我们强调在中医整体、辨证等特色理论的前提下，用先进的实验室手段、现代药理学前沿――基因、受体、信号传导以及多靶点药效学理论与科研实践对中兽药的作用机理进行评价。
中药药理学在现代药理学研究方法的基础上逐步发展和成熟。中药药理研究的对象多是复方，其有效性的判断主要是通过整体试验，再到临床验证这样一个过程。这就决定了中药药理研究的试验模型和研究方法具有自己的特点。近年来，中药药理学与中药化学学科结合日趋密切，中药化学成分提取、分离技术的应用，使中药有效部位、有效单体的药理研究日益增多，并成为研发新药的一个有效途径。
常用单味中药药理研究是中药药理研究的重要内容之一，通过观察在体或离体动物药理效应，研究药物对器官、组织、细胞、分子水平的影响，我国已对百余种单味药进行了较为系统的研究。复方历来是中兽医用药的主要形式，以中医药理论为指导，运用现代科学手段，对古方和现代经验方的物质基础与作用机制进行多指标的系统药理研究，不但能得到中兽药新药，而且可以更深层次揭示方剂的治疗原理，有效地指导临床用药和中兽药新产品研创。
中药血清药理学研究和中药药代动力学研究尚处于探索性研究阶段，尤其是复方的药代动力学研究尚无很好的方法和手段。目前主要采用体内药物浓度法、药物累积法（动物急性死亡率法）、药理效应法、微生物指标法等，尚待进一步完善。
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