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自然养猪法的日常管理与常规养猪的日常管理相似，但应注意：
①猪的饲养密度，单位面积饲养猪的头数过多，床的发酵状态就会降低，不能迅速降解、消化猪的粪尿，一般以每头猪占地1.2-1.5m2为宜，小猪时可适当增加饲养密度；
②发酵床的床面不能过于干燥，一定的湿度有利于微生物的繁殖，如果过于干燥还可能会导致猪的呼吸系统疾病。地面湿度必须控制在60%，应经常检查，如水分过多应打开通风口，利用空气调节湿度；
③入圈生猪事先要彻底清除体内的寄生虫，防止将寄生虫带入发酵床，以免猪在啃食菌丝时将虫卵再次带入体内而发病；
④要密切注意土壤微生物菌的活性，必要时需加活性剂来调节土壤微生物菌的活性，以保证发酵能正常地进行；
⑤猪舍中的锯屑变少时，适当补充微生物原种和锯末；
⑥为利于猪拱翻地面，猪的饲料喂量应控制在正常量的80%，生猪一般在固定地方排粪、撒尿，当粪尿成堆时挖坑埋上即可；
⑦猪舍内禁止使用化学药品和抗生素类物品，防止它们对土壤微生物的杀害作用，使得微生物的活性降低。自然养猪法的日常管理主要涉及垫料的日常维护、猪群的驱虫方案、猪群的免疫程序、猪场的消毒方案、改善猪只内环境的营养措施。
1、垫料的常规维护
进猪一周内为观察期，防止垫料表面扬尘。此周内一般不用特殊管理，主要观察猪排粪拉尿区分布情况，猪只活动情况，发现有无异常现象，做好相关记录。
一周后，一般每周根据垫料湿度和发酵情况翻耙垫料1-2次。若垫料太干，灰尘的出现，应根据垫料干湿情况，向垫料表面喷洒适量水份；把特别集中的猪粪分散开来；在特别湿的地方按垫料制作比例加入适量锯末、谷壳等新垫料原料；把比较结实的垫料翻松，把表面凹凸不平之处整平。
从进猪之日起每50天，大动作地深翻垫料一次。在粪便较为集中的地方，把粪尿分散开来，并从底部向上反复翻弄均匀；水分过多的地方添加一些锯未、谷壳等垫料原料；看垫料的水分决定是否全面翻弄。如果水分偏多，氨臭较浓，应全面上下翻弄一遍，看情况适当补充一些垫料原料和发酵菌种。 
试验表明20cm深翻耙垫料其垫料表面和10cm深垫料温度变化规律如图5-1，翻耙垫料后一般在 10天左右温度会呈下降趋势。试验认为如果实际情况允许，育肥阶段饲养可以在 7-10天翻转一下床面。
图5-1 翻耙垫料后垫料温度变化规律
正常使用中的垫料，其中心部位应是无氨味、湿度在50%左右（手握不成团，摊开即散），温度在45℃左右、pH值7～8。否则垫料发酵效果不正常，当因其它原因造成垫料过湿而显氨味时，可适当添加吸湿性好的垫料原料（如锯末等）并辅助添加透气性原料（如稻壳等），猪出栏后，可加稻壳再堆积，调整水分和pH值。
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