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2.3治疗不彻底 因为怕花钱，有些农户在猪得病后不按时给药，有时宁肯使用劣质兽药，有时在病情稍稳定后即停止用药。任何一种药物在体内维持药效的时间总是有限的，当药物降低到一定浓度时就必须及时补充用药，否则，病原菌就有可能在含有较低药物浓度的机体内顽强生长繁殖，逐步产生耐药性，甚至发生变异，给今后的治疗工作带来较大难度。
2.4新药成分不明，使用不规范 我国现有兽药厂2600多家，生产的兽药品种达3000多种。现在市面上的兽药品种十分繁杂，新药广告铺天盖地，药物推销商也走马灯似的频繁出入于各兽医门诊。新药往往都有一个神乎其神、让人真伪难辩的名字，标签上介绍的应用范围特别广、效果特别好，但又不标明有效成分。有一种药物，竟然在标签上注明该药能治疗口蹄疫，真是贻笑大方。大部分抗病毒化学药物都仅仅只能抑制病毒，如：阿糖腺苷防治仔猪伪狂犬病，磷甲酸钠防治猪伪狂犬病，靛红-β-缩氨硫脲防治猪痘，都是通过抑制病毒复制来发挥作用的。况且有些抑制病毒的药物还具有明显的副作用，如：病毒唑可用于治疗流感病毒和痘病毒感染，但长期使用，会对机体产生毒害作用；利巴韦林在组织培养中，对病毒有抑制作用，但长期服用，容易产生免疫抑制，等等。病毒对现有抗病毒药物都能产生耐药性变异株，甚至还会出现依赖药物的变异，使抗病毒药物效果不佳或根本无效。一些养殖户很容易听信传媒上不切实际的广告宣传，随便接受、使用一些新药。大部分乡村兽医也都喜欢使用新兽药，目的是好抬高药价，谋取高额利润。其实，那些新药虽然效果确实不错，如：创导、闪电、烈焰长效、诺砜长效等等，其主要成分仍然是抗生素，如果使用不规范，也很容易使病原菌产生耐药性，缩短这些药物的使用寿命，步青霉素、链霉素之后尘。
3、不能科学地使用抗菌药物添加剂
在养猪业，抗菌素饲料添加剂的应用都十分广泛。据报道，国内批准使用的抗菌药物添加剂有20多个品种。这些抗菌素饲料添加剂在养猪业上所起的作用是巨大的，在很大程度上抑制了病原微生物的生长繁殖，减少了动物感染发病的机会。但同时，因为长期使用某一种或某几种抗菌素饲料添加剂，特别是使用土霉素等广谱抗菌药物，不但容易造成产品污染，会使病原微生物产生抗药性，还会使胃肠道内正常菌群受到抑制，导致消化功能紊乱，B族维生素缺乏；更为严重的是可能会使一些细菌发生变异，如分泌某些酶类使抗生素失活，并可以将耐药性由非病原菌传给病原菌，使抗药性菌群进一步扩大，再发生疾病后，治疗起来就十分困难。
4、疏于产品流通领域的管理
现在的猪产品市场是开放的，这有利于商品的合理流通和价格稳定，但市场管理却显得混乱无序，一些地方的检疫机构形同虚设，实际是只知道收钱，从来都不作检查把关和防疫注射，一些患有传染病的猪得以顺利转入养殖厂（户）、流入肉品加工企业或走上消费市场，这使得一些严重的传染病能在单个散发后会在短时间内迅速传播，造成大面积流行暴发，导致严重危害。有些养殖户怕遭受大的损失，竟然不顾道德规范和法律约束，将病猪通过经纪人转卖到其它地方，或者急宰后拉入肉食市场、产品加工企业，使得传染病在很长一段时间内控制不下来。笔者老家有一个村，地处交通要道，村民大多以贩卖仔猪、生猪为业，使该村成为重要的生猪仔猪集散地，但乡镇兽医站并不过问检疫问题，不管什么样的猪，都可以通过这里畅通无阻，所以，这个村附近的十几个村庄，猪病流行特别严重和复杂，令养殖户和兽医人员十分头痛，感到防不胜防。
根据《中华人民共和国动物防疫法》规定，检疫工作应由县级以上动物防疫监督机构负责，由动物防疫监督机构具体实施。这就从根本上否定了以前乡镇兽医站也作为执法主体的做法。至于县级以上动物防疫监督机构具体设置情况，各地不一，有防、检、监合设，有防、检合设，有防、检、监单独设置等多种形式。以生猪检疫为例，它分为产地检疫、屠宰检疫两个部分，经检疫不合格的动物或产品，必须予以高温、销毁、化制等无害化处理。检疫人员所实施的检疫是一种行政行为，具有技术性、强制性特点。但许多地方的机构设置还不健全，人员没有配齐，检疫力量还不够充实；特别是在偏远山区，农民的法律意识还十分淡薄，逃避检疫的行为十分普遍。这些都给重大传染病的有效控制增加了难度，也给动物源性食品的安全带来了隐患。
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