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1994年，于康震从美国加利福尼亚大学回到中国农业科学院哈尔滨兽医研究所，开始组建禽流感的研究队伍。当时对禽流感的研究并不是“热门”。
1996年，于康震主持的“禽流感疫病诊断和病毒分型技术的研究”课题建立了病毒的分离、鉴定、诊断体系，解决了禽流感的诊断问题，但这还远远不够，更重要的是如何对付它，要有有效、实用的预防控制技术。于康震和他的团队开始了禽流感疫苗研制的新的征程。
国际上共同遵守的一个规则是不允许用高致病力的禽流感病毒来研制疫苗。怎么办？于康震当时只有１株分离于1973年的低致病力国际标准毒株，然而在实验的过程中发现，它达不到疫苗生产所需的要求。后来就只好选育，不断筛选好的、长得快的毒株。“还好，我们运气好，1999年我们终于筛选出一个比较好的，产量比较高，当时非常高兴。”
Ｈ５Ｎ２疫苗在2003年获得农业部颁发的新兽药证书，成为我国第一个研制成功并应用于Ｈ５亚型高致病性禽流感防治的疫苗。国外以前的实验结果是，禽流感疫苗免疫之后，鸡可以不死亡，但是病毒还是会感染。禽表面上正常，但是病毒在禽类体内繁殖，之后排泄出来，这样的话，情况可能更糟，因为免疫带毒的禽可能成为危险的传染源。而中国的疫苗免疫之后，不仅保证鸡不发病不死亡，还能阻止病毒感染，就不存在排毒的问题。Ｈ５亚型禽流感灭活疫苗在我国防控禽流感工作中发挥了巨大作用，这一疫苗的研制和应用获得了2005年度国家科学技术进步一等奖。
中国防治禽流感工作取得明显成效，国外有人说中国有“天兵天将”。而于康震把它归功于多年来的科研积累：“从1994年开始，10年时间了，我们早就开始研究了。”于康震同时还强调说：“如果没有中央的高度重视，没有国家的政策、法律、组织和资金的保障，我们的成果不可能如此大规模应用。”
对工作，于康震要求严格，是典型的科学家的严谨；而在生活中他是一个随和的人。哈尔滨兽医研究所的工作人员现在还非常怀念于康震在所里的那段日子，学生们、同事们对他的评价是：“很会带队伍。”于康震会在工作之余带着同事、学生们一起吃饭，有学生过生日，他会组织大家庆祝。学生们说：“于老师很会调节气氛，吃饭的时候有了他，气氛就变得非常轻松，非常融洽，他很幽默，我们很喜欢和他在一起。”
--先后研制了近百种畜禽疫病防治诊断剂和疫（菌）苗，为我国畜牧兽医事业的发展做出了突出贡献的中国农业科学院哈尔滨兽医研究所常务副所长、研究员 于康震，男，汉族，1960年出。曾获哈尔滨市"十大杰出青年"；
农业部有突出贡献的“优秀中青年专家”；中国农业科学院科技进步一等奖；黑龙江省医药卫生科技进步一等奖；中国农业科学院“跨世纪学科带头人”称号。
大胆改革
1994年，于康震谢绝了美国加利福尼亚大学再三挽留，毅然回国。特别是担任哈尔医研究所领导职务以来，面对世界科技竞争日益激烈和国内科技体制改革大潮的到来，进行了大胆的改革。在不到两年的时间内，在国内率先建立了科研、开发与软硬件支撑服务体系互相依存，基础研究、应用研究、实验发展与产业化相配套，以本所优势学科为重点、学科齐全的新型科技体制；科研主体与开发实体并存的新型发展模式；"稳住一头，放开一片，人才分流"的科技开发和人才管理模式；实行开放、流动、竞争、协作的运行机制；责权分明、管理高效的组织管理制度。
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